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[GROMACS] 适合SiO2的模拟力场有哪些?

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本帖最后由 Wenchuan 于 2023-9-11 16:06 编辑

请问老师,网址二氧化硅力场文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)charmm27力场构建了MS构建的SiO2的top文件,可不可以用GROMACS G54A7力场构建top文件并模拟呢?如果只能用charmm27力场构建top文件,如何实现SiO2与GROMACS G54A7力场的分子比如C7H16一起利用GROMACS进行模拟呢?因为在ATB网站上找到的分子都是GROMACS G54A7力场的分子。 SiO2.pdb (65.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 23) 是SiO2的结构文件。



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发表于 Post on 2022-11-16 16:47:57 | 只看该作者 Only view this author
请问,无定型的SiO2也可以用类似方法获取力场嘛?

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发表于 Post on 2022-10-30 22:04:24 | 只看该作者 Only view this author
请问,如果我想模拟二氧化硅的表面(interface 力场里带的结构,表面羟基化程度不一样,带有不同数量的钠离子)和有机物小分子(用GAFF)的相互作用,那么,我该怎么处理这种二氧化硅的表面呢?

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发表于 Post on 2022-9-28 09:36:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-28 08:58
显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数,而bonded相关参数是自己搞的,也不算严格的UFF力场

好呢谢谢sob老师的耐心回答

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发表于 Post on 2022-9-28 08:58:28 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-27 09:35
嗯嗯老师我也是这么做的,那这样子就算是用了UFF力场对吗?

显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数,而bonded相关参数是自己搞的,也不算严格的UFF力场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-27 09:35:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 05:59
找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合

嗯嗯老师我也是这么做的,那这样子就算是用了UFF力场对吗?

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发表于 Post on 2022-9-27 05:59:07 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-26 10:16
哦哦好呢sob老师,那意思就是说如果文献中能找到LJ参数,并且文献中说了该参数是与什么力场适应,那就能 ...

找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-26 10:16:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-26 09:52
光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场,还少了非常关键的LJ参数,LJ参数怎么搞,这直接决定了和什 ...

哦哦好呢sob老师,那意思就是说如果文献中能找到LJ参数,并且文献中说了该参数是与什么力场适应,那就能通过该力场来判断和其他力场的混用。
但是如果老师我找不到文献中对应的的LJ参数呢?这种情况下我应该怎么做呢?(用sobtop里自带的UFF/GAFF的LJ参数对吗)

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发表于 Post on 2022-9-26 09:52:37 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-26 09:43
好的呢谢谢sob老师的回答,的确是不小心把“力场混用”当成了错误,这里还有一个疑问:
若一个物质(氧 ...

光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场,还少了非常关键的LJ参数,LJ参数怎么搞,这直接决定了和什么能混用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-26 09:43:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-26 05:50
1 不要把“力场混用”当成错误,要区分合理的混用和不合理的混用

好的呢谢谢sob老师的回答,的确是不小心把“力场混用”当成了错误,这里还有一个疑问:
若一个物质(氧化铋、杂化钙钛矿等)的参数都是自己获得(计算原子电荷和力常数),那这样子生成的itp文件,能和哪种力场一起使用呢?这个应该如何去判断。(毕竟没有像SiO2的那参考文献直接说可以广泛应用于AMBER\CHARMM等力场)

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发表于 Post on 2022-9-26 05:50:27 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-25 10:56
谢谢sob老师的回答,那老师,
1、若无机物的LJ参数和原子电荷都是自己算的,也就是老师您说的力场是自己 ...

1 不要把“力场混用”当成错误,要区分合理的混用和不合理的混用



sobtop网页里的SiO2参数的来源文献在摘要里就明确说了:The parameters are integrated into multiple force fields for broad applicability to biomolecules, polymers, and inorganic materials (AMBER, CHARMM, COMPASS, CVFF, PCFF, INTERFACE force fields),显然可以和AMBER/GAFF来混用

2 SiO2部分的Si的LJ参数显然是来自于SiO2参数那篇文章里的,文章里明确给了
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发表于 Post on 2022-9-26 05:35:15 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2022-9-25 16:14
我印象中,opls(cm1.5电荷)比gaff模拟有机小分子更准确?现在gaff的准确性提高了么?多谢提点~

没有cm1.5电荷,大抵你是指1.2*CM5
OPLS-AA描述有机小分子不比GAFF有普遍性明显优势,而且AmberTools程序包里的GAFF的参数在GAFF公开发表后又做了不少更新,比最早的GAFF已经有很多改进了(参见AmberTools的gaff.dat文件末尾的更新注释)
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发表于 Post on 2022-9-25 16:14:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-25 02:07
若无特殊情况,有机小分子一律建议用GAFF描述,和前述SiO2力场完全兼容

我印象中,opls(cm1.5电荷)比gaff模拟有机小分子更准确?现在gaff的准确性提高了么?多谢提点~

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发表于 Post on 2022-9-25 10:56:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-24 00:50
1 LJ和原子电荷如果从文献来的,显然就是用的文献里的力场。若用自己算的原子电荷结合自己搞的bonded参数 ...

谢谢sob老师的回答,那老师,
1、若无机物的LJ参数和原子电荷都是自己算的,也就是老师您说的力场是自己的,那我如何来判断模拟体系中的有机物用什么力场才不会存在“力场混用”情况呢?(研究有机无机相界面情况时)
2、老师您说的OPLS-AA力场不包含SiO2的参数,所以是按您10楼回复那样,有机物采用GAFF力场,SiO2用sobtop例子生成itp,才是最好的选择对吗?(但是GAFF力场中我看了一下好像也没有Si的LJ参数这些呀?UFF力场中我倒是看到了)

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发表于 Post on 2022-9-25 02:07:43 | 只看该作者 Only view this author
Wenchuan 发表于 2022-9-24 16:32
那么为了共同模拟小分子和SiO2,将小分子力场(如GROMACS G54A7力场)和自己得 ...

若无特殊情况,有机小分子一律建议用GAFF描述,和前述SiO2力场完全兼容
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