cp2k做振动分析的计算时间的疑问

confidence · 发表于 Post on 2022-9-26 09:56:28

各位老师好，我想利用cp2k对二氧化钛做振动分析，进而在sobtop中产生力常数，因此我仿照sob老师博文中FeCl2的做法，先对TiO2原胞进行结构优化后，扩胞为含有80个原子的体系，再按照“使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件”的做法生成了TiO2.inp文件，最后提交到服务器上进行计算。
服务器中安装cp2k版本为psmp，计算采用36核心1节点，跑到现在刚好4天整，还未结束，所以想请问一下各位老师，是否哪里存在问题？或者是怎么能加快运行速度呢？

PS：TiO2.inp文件和TiO2.out文件（跑了四天的out文件）在压缩包中

TiO2.rar (405.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 01:26:27

HAC 发表于 2024-9-29 19:41
sob老师，你好，算表面吸附问题中结构优化是考虑了XY方向的周期性，振动分析时是同样考虑XY方向的周期性 ...

必须和优化时严格一致

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 01:26:15

HAC 发表于 2024-9-29 10:49
sob老师，请问我研究表面催化问题，结构优化的时候固定了最底下两层原子，我做振动分析来得到自由能热矫 ...

需要

HAC · 发表于 Post on 2024-9-29 19:41:08

sobereva 发表于 2022-9-28 10:23
你弄的超胞结构比较莫名其妙，为什么那么细长？
对于计算体相情况来说，三个方向应该长度尽量相近，都最 ...

sob老师，你好，算表面吸附问题中结构优化是考虑了XY方向的周期性，振动分析时是同样考虑XY方向的周期性还是NONE呀

HAC · 发表于 Post on 2024-9-29 10:49:16

sobereva 发表于 2022-9-28 10:23
你弄的超胞结构比较莫名其妙，为什么那么细长？
对于计算体相情况来说，三个方向应该长度尽量相近，都最 ...

sob老师，请问我研究表面催化问题，结构优化的时候固定了最底下两层原子，我做振动分析来得到自由能热矫正量时需要固定最底下两层原子吗？

confidence · 发表于 Post on 2022-9-28 11:00:20

sobereva 发表于 2022-9-28 10:23
你弄的超胞结构比较莫名其妙，为什么那么细长？
对于计算体相情况来说，三个方向应该长度尽量相近，都最 ...

嗯嗯衷心感谢sob老师的回复。弄得比较细长是担心计算时间的问题（毕竟在再Z轴再扩胞一次原子数又多了一倍）。按照老师您说的三个方向至少都大于15A，那我再重新建模试试。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 10:23:20

confidence 发表于 2022-9-27 10:43
老师抱歉，我最后弄的inp文件在Multiwfn中显示并没有真空区了（在Multiwfn扩胞后保存为cif文件，再将该ci ...

你弄的超胞结构比较莫名其妙，为什么那么细长？
对于计算体相情况来说，三个方向应该长度尽量相近，都最好>20埃（至少>15埃）
FeCl2是二维体系，那个例子里扩胞方式对于你的情况没有参考性

confidence · 发表于 Post on 2022-9-27 10:43:19

sobereva 发表于 2022-9-27 10:13
我不知道你实际研究的是什么
如果是体相二氧化钛，不应当扩出真空区

老师抱歉，我最后弄的inp文件在Multiwfn中显示并没有真空区了（在Multiwfn扩胞后保存为cif文件，再将该cif导入Multiwfn生成inp文件），5楼那幅图不是最终inp的图。的确是体相二氧化钛呢。
这样子应该就没啥问题了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 10:13:27

confidence 发表于 2022-9-27 09:39
嗯嗯谢谢sob老师的回答，那像我在5楼贴的图那样子在Z轴扩了一次胞，应该会稍微好一些可以使用吧？

我不知道你实际研究的是什么
如果是体相二氧化钛，不应当扩出真空区

confidence · 发表于 Post on 2022-9-27 09:39:20

sobereva 发表于 2022-9-27 03:03
你当前的目的是获得力常数，不是表面吸附问题，不能固定任何原子

嗯嗯谢谢sob老师的回答，那像我在5楼贴的图那样子在Z轴扩了一次胞，应该会稍微好一些可以使用吧？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 03:03:15

你当前的目的是获得力常数，不是表面吸附问题，不能固定任何原子

丁越 · 发表于 Post on 2022-9-26 20:04:21

Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:35
fix在multiwfn里可以设置，原子编号，将文件直接载入multiwfn以后按0可以确定原子编号

得到Hessian就 ...

CP2K是通过有限差分方式计算频率，所以相当于做了6N次单点任务(每个方向上前后各移动dx距离)，对大体系做振动分析巨耗时。所以对于表面吸附反应，做振动分析时我们往往是固定slab的原子，Hession矩阵也是相当于取了一部分子矩阵求解频率，这种近似方式也是为了妥协计算速度。

confidence · 发表于 Post on 2022-9-26 17:17:14

Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:35
fix在multiwfn里可以设置，原子编号，将文件直接载入multiwfn以后按0可以确定原子编号

得到Hessian就 ...

好呢，谢谢老师的耐心回答，那我知道怎么设置fix了。就是得看看sob老师这边怎么建议，如果对于Hessian没有影响我就采用fix好了

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-9-26 16:35:30

confidence 发表于 2022-9-26 16:27
嗯嗯谢谢老师的回复，是的我就是因为考虑到大体系做振动分析耗时太长，所以才尽可能想着让体系较小（故没 ...

fix在multiwfn里可以设置，原子编号，将文件直接载入multiwfn以后按0可以确定原子编号

得到Hessian就不确定有什么影响了

confidence · 发表于 Post on 2022-9-26 16:27:17

Eudaimonia 发表于 2022-9-26 16:11
cp2k做振动分析对大体系来说耗时是天文数字，因为需要做3N-1次SCF迭代(N为体系原子数，具体是不是-1不是很 ...

嗯嗯谢谢老师的回复，是的我就是因为考虑到大体系做振动分析耗时太长，所以才尽可能想着让体系较小（故没有在Z方向扩胞，所以被sob老师说成那么薄的一块板）
然后Multiwfn进行扩胞的操作我也试过了，现在已经正常获得了没有真空区的inp文件。（尽可能不是太薄，原子数现在96）

不知道老师您说的固定大部分原子在cp2k中是怎么操作的呢？我主要是为了得到Hessian来获取力常数，不知道如果固定了会不会有影响呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] cp2k做振动分析的计算时间的疑问