解决分子动力学模拟柔性过大的对错？

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-10-2 10:48:29

昨天同门问了我一个问题，我不是太清楚这个对错以及原因。
问题这样：他做了蛋白与某种配体的动力学模拟，结构基于初始RSCB晶体结构，但是配体柔性过大，即每次长时间模拟，配体的轨迹，朝向，以及构象搜索结果差别都很大，具有很强的随机性。他想了个办法，就是之前是让配体运动来迎合与周围残基的最佳相互作用。现在是固定配体，来让周围氨基酸来寻找与配体的最佳作用方式。按照这个方法来考察电场对模拟的影响，从能量等角度计算，也得到了一些结果。我觉得这个方法不合理，但是不知道怎么跟他说。老师有啥看法呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-2 17:21:08

是RCSB

固定配体明显有过强的人为因素，毕竟配体又不是刚性的
柔性配体在动力学过程中构象反复变化本身就是很正常的事情。而且构象怎么变化、构象分布，本来也算是可以专门研究的对象

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