表面吸附问题求指导

一直走 · 发表于 Post on 2016-5-16 12:24:43

在模拟表面吸附问题时，对于切出的表面层数不同文献的描述不同，而且需要固定底层原子，请问老师，一般对于吸附问题，确定的晶面需要切出几层，而且底下固定的层数不同会不会影响最终结果，一般来说是固定几层啊？

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-7-10 20:47:00

一直走发表于 2016-7-10 20:20
老师，我在做Cu团簇在SiO2（111）表面吸附的时候，算出来的Mulliken电荷，Cu都是负值，但是，按道理来说C ...

看看电荷密度差和形变电荷密度，看看趋势是否一致。

一直走 · 发表于 Post on 2016-7-10 20:20:39

卡开发发发表于 2016-6-26 16:02
如果分子物理吸附的话，最好放在2~3A左右比较好。

老师，我在做Cu团簇在SiO2（111）表面吸附的时候，算出来的Mulliken电荷，Cu都是负值，但是，按道理来说Cu应该是正值呀，不知道这是什么原因呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-26 16:02:37

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 15:33
好的，谢谢老师指导，我这样试试看行不行，现在的体系没什么问题吧？

如果分子物理吸附的话，最好放在2~3A左右比较好。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-26 15:33:16

卡开发发发表于 2016-6-26 15:03
不对，这里这个单层的S是独立的，显然不合理。还有，分子不要放太近。按我说的试一下，看看是否仍然存在 ...

好的，谢谢老师指导，我这样试试看行不行，现在的体系没什么问题吧？

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-26 15:03:17

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 14:59
建好模型就是这样，它是周期性结构，所以底下那层应该是和顶部那层一样的吧，老师看看我贴出来的输出文件 ...

不对，这里这个单层的S是独立的，显然不合理。还有，分子不要放太近。按我说的试一下，看看是否仍然存在问题。若仍然出现EDDDACV的问题，再换成ALGO=V或者F不迟。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-26 14:59:23

卡开发发发表于 2016-6-26 14:35
最底下那一排单独的S原子是怎么来的？还有，分子放得离表面太近了，即便不出问题，弛豫也要花很长时间。

建好模型就是这样，它是周期性结构，所以底下那层应该是和顶部那层一样的吧，老师看看我贴出来的输出文件，Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 64 472这种错误是什么原因呢?

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-26 14:35:56

本帖最后由卡开发发于 2016-6-26 14:46 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-26 14:09
我又重新建模在算，S朝上3层原子层，跑到中间会停，出现的错误是Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Re ...

最底下那一排单独的S原子是怎么来的？还有，分子放得离表面太近了，即便不出问题，弛豫也要花很长时间。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-26 14:09:42

卡开发发发表于 2016-6-23 20:33
你没明白我的意思，你的重构是因为你找了个不稳定的面，而不是层高不够导致的。

我可能没说清楚，建议 ...

我又重新建模在算，S朝上3层原子层，跑到中间会停，出现的错误是Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 64 472（后面的数字有时候不一样）
麻烦老师帮我看看是什么问题吧？

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-23 20:33:03

yuenanshuyao 发表于 2016-6-23 16:56
我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma ...

你没明白我的意思，你的重构是因为你找了个不稳定的面，而不是层高不够导致的。

我可能没说清楚，建议你把当时计算S朝上的表面计算的结果打包来看看，停止必然是有原因的，来找找这个原因。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-23 16:56:54

卡开发发发表于 2016-6-22 18:52
表面不稳定就会产生表面重构，你却把下表面进行固定，来维持未弛豫的状态，这样的做法并不合理。不应该是 ...

我也试图把层数加多一些，但是原子数太多学校的计算机算不动，S在上的时候还没开始算就停止了，k点Gamma 3*3*1

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-22 21:47:09

一直走发表于 2016-6-22 21:39
我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程 ...

是啊，当然，层高充分的情况，固定与否可能不那么重要，层高不充分的情况，就算固定结果也不会好，何况固定会引进一些非物理因素进来，慎重使用为妙。

一直走 · 发表于 Post on 2016-6-22 21:39:15

卡开发发发表于 2016-6-22 20:34
那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑 ...

我明白了，如果衬底层数足够的话，上表面的吸附一般不会影响到底层原子，但是如果底层的原子在吸附的过程变化较大，就需要考虑是否为层数不够造成的，这时候最好做个层数测试，但是我看关于吸附的文章，无论衬底层数多少，都会固定1/2到2/3的厚度，貌似也就约定俗成了~非常感谢老师的耐心解答，每次都非常受益~

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-6-22 20:34:38

一直走发表于 2016-6-22 20:24
固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中 ...

晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层

那只能说明层高未经过测试或者采用的方法不对，层高足够高的情况中心区域会慢慢呈现固体的性质，而该考虑色散修正的场合不考虑也会导致结构发生问题。

我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗

吸附能只是一种热力学上的判断，严格来说考虑自由能才有参考价值。

毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

吸附之后吸附的分子和表面都有可能重构，这是很正常的。如果上表层的吸附会明显影响到下表层的性质，说明层高还是不充分的。

一直走 · 发表于 Post on 2016-6-22 20:24:24

卡开发发发表于 2016-6-22 20:08
弄不清固定下表面有啥物理意义，做了固定也维持不了晶体内的那种状态，搞得SCF还很难收敛，根本起不到计 ...

固定底层，应该不是为了加速计算吧，而且就算固定了，并不会减少计算量，但是如果不固定，在吸附的过程中，晶格结构就会发生变化，甚至偏离之前的真空层，这样就算正常结束，我们能单纯利用吸附能或者其它判别手段判断是否能吸附吗？毕竟吸附后的衬底与之前的相差可能会很大~

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