关于ONIOM模型的使用咨询，谢谢指点

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-5-18 17:32:01

1：背景
1.1：自己长期以来都是高斯研究单个分子，理论计算，然后实验是做成器件，所以，理论计算和实验上在无辐射方面对应不起来，感觉就是没有考虑分子之间的相互作用。
1.2：之前的帖子在这里问过：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3111&extra=  当时说到利用ONIOM模型，自己也报名参加了sob老师的第一次和第二次培训班，通过第二次学到了这个ONIOM模型，但是当时为了赶火车，听完之后就抓紧走了，回来看讲义，明白了一点。
1.3：但是，我看都是说的对一个分子不同的片段进行划分，我想研究的是好多个A分子，只有中间的那个A分子使用QM，其余的A分子都是MM，背景介绍完毕。
2：已发表文章的做法
2.1：自己研究清华帅老师的文章，看到他们都是采用ONIOM模型来做，下面是两篇不同的文章中的图片说明，我就是想和他模拟一样的东西，不知道这个怎么设置。
   帅老师的文章都在这个网页上 http://www.shuaigroup.net/

3：我的计算目标
3.1：我也想用ONIOM模型来优化中间的分子A,同时我需要优化S1态，优化S0态，还有freq的计算，以为后面其他程序的计算，需要用到各个态的频率文件。
      不知道这个怎么实现，谢谢指点。
3.2：附件的文件是我的一个想模拟的分子，我看帅老师他们发表的文章，这个堆积怎么弄得，怎么把这么多分子放到一起，而且距离怎么找到的？最后高斯是一个输入文件吗？那不是很多很多的坐标？
3.3：希望能有会的指点一下，说一些做的步骤，我主要是利用高斯计算，MS没用过，希望能给个做个输入文件我看看什么样子。

4：最后谢谢各位老师的指点与帮助。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-7 21:13:28

Lipy 发表于 2023-8-7 10:29
请问sob老师，我直接使用ONIOM来计算整体的频率，但是把low层全部冻结，是否可以得到high层自身的频率？ ...

假设体系分为A、B两部分，不管你用不用ONIOM，冻结B片段都会导致B部分原子不动，而且忽略A-B之间的耦合对Hessian的贡献。在这点上和ONIOM没直接关系。

Lipy · 发表于 Post on 2023-8-7 10:29:48

sobereva 发表于 2016-5-31 08:42
是
pop=CHELPG

请问sob老师，我直接使用ONIOM来计算整体的频率，但是把low层全部冻结，是否可以得到high层自身的频率？因为我之前的一次单分子freq计算时冻结了一个分子的二面角，查看计算结果发现冻结的四个原子没有振动，后来才知道单分子freq计算时不能冻结原子，但是对于ONIOM这种情况，我突然想到既然冻结原子可以让它没有振动，那我把low层原子全部冻结，是否计算出的频率就只是high层自身的频率了呢？这样同时也考虑了晶体环境下分子间相互作用的影响，这是我个人的一点想法，不知道是否正确。

Lipy · 发表于 Post on 2023-8-7 10:22:05

您好，请问您在用ONIOM计算完频率后，是否是使用了MOMAP进行后续计算？MOMAP可以用ONIOM的频率计算结果来进行非辐射跃迁速率的计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 10:07:06

DLJS 发表于 2023-7-5 09:54
明白啦，非常感谢sob老师~
老师我还有一点疑问：提高基组算1和2的能量都是把DFT部分的基组提高就好了吗 ...

是

DLJS · 发表于 Post on 2023-7-5 09:54:36

sobereva 发表于 2023-7-5 02:11
1 ONIOM计算整体能量
2 ONIOM计算蛋白质能量
3 DFT计算配体能量

明白啦，非常感谢sob老师~
老师我还有一点疑问：提高基组算1和2的能量都是把DFT部分的基组提高就好了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 02:11:15

DLJS 发表于 2023-7-4 10:11
sob老师您好，我用oniom模型考察蛋白配体结合能，选取了配体5A范围内的残基，高层包含配体小分子和部分有 ...

1 ONIOM计算整体能量
2 ONIOM计算蛋白质能量
3 DFT计算配体能量

然后E(1)-E(2)-E(3)。其中1、2中ONIOM模型、划分需要一致

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-5 02:10:16

wugaiyan 发表于 2021-11-10 21:18
范老师，我看你前面部分命令行用的qeq，那你这个背景电荷用的哪种电荷？可以求qeq的背景电荷吗

强烈不建议图省事用QEq作为背景电荷，对静电势重现性极差，此文说了
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

DLJS · 发表于 Post on 2023-7-4 10:11:25

sobereva 发表于 2020-9-22 22:44
QM/MM和ONIOM(QM:MM)的原理截然不同

ONIOM下具体怎么算最好把体系截图发出来，要不然很难解释准确

sob老师您好，我用oniom模型考察蛋白配体结合能，选取了配体5A范围内的残基，高层包含配体小分子和部分有关键作用的残基，其余的为低层，不明白如何计算结合能，希望得到老师的帮助。

wugaiyan · 发表于 Post on 2021-11-10 21:18:21

小范范1989 发表于 2016-9-14 07:51
你好，其实很简单，高斯中的charge关键词。输入文件如下
%nprocshared=12
%mem=2GB

范老师，我看你前面部分命令行用的qeq，那你这个背景电荷用的哪种电荷？可以求qeq的背景电荷吗

pony · 发表于 Post on 2021-3-9 10:42:56

小范范1989 发表于 2016-5-31 08:57
非常感谢sob老师的指点，受益匪浅啊，自己摸索，懂得很少，所以一直来麻烦sob老师。谢谢老师。
ps：对3 ...

老师，能不能留个QQ号咨询下ONIOM计算的问题，可以有偿

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-22 22:44:05

shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44
sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中， ...

QM/MM和ONIOM(QM:MM)的原理截然不同

ONIOM下具体怎么算最好把体系截图发出来，要不然很难解释准确

shuifangren · 发表于 Post on 2020-9-22 08:43:13

谢谢您的回复，但我还是没有明白您的意思，假设A和B接近的部分是+1,那么QM区就是A+1，MM区就是B-1,如何用ONIOM计算A和B呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-9-21 14:36:43

shuifangren 发表于 2020-9-21 13:44
sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中， ...

一般把A和B彼此距离比较近的地方算作QM区，其他地方算作MM区
然后分别用ONIOM计算A、B、AB，E(AB)-E(A)-E(B)就行了。也就是要做3个ONIOM计算
ONIOM的精髓在于反应过程中变化大的部分用精确的方法，变化小的部分用粗糙的办法，如果A和B一个用QM一个用MM，就失去了用ONIOM的意义了，因为QM区和MM区的相互作用只有MM的精度。

shuifangren · 发表于 Post on 2020-9-21 13:44:03

sobereva 发表于 2016-6-13 12:21
就用别的泛函呗，那个mpw某某某的破泛函也没什么好处

sob 老师，我想问一下，ONIOM模型计算怎么算结合能呢？套用之前的定义，E=E(AB)-EA-EB,
在QM/MM计算中，假设A在high层QM区,B在low层MM区，E=E(total)-EA(QM)-EB(MM),老师这样对嘛？

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