Sobtop创建过渡金属配合物体系的gromacs拓扑文件问题

qmlearner

各位老师好，我从MOF中截取了一个团簇（150个原子，其中6个Zr，其余都是O\C\H），如图1，并计算了团簇的RESP电荷。然后按照卢老师“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”这个帖子，用xtb gfn1方法计算得到的Hessian通过sobtop获得团簇的gromacs拓扑文件。

当我用卢老师提供的md_vac.mdp真空下测试拓扑文件合理性的时候，发现md之后，笼状的Zr6金属中心没有维持住，往外散开了，如图2（蓝色是原结构，红色是md的最后一帧）。请问下，这种体系该怎么获得比较合理的拓扑呢？

当前拓扑维持不住Zr6笼状结构，是否可能因为gfn1获得的Hessian精度不够？

我尝试用orca计算该体系的频率，目前我们的计算资源，B97-3c方法算不动（内存爆了）。

然后用gaussian tpssh/def2tzvp 计算频率，速度非常慢，不知道能不能收敛。

关于获得目前这个体系的gromacs拓扑，各位老师有没有什么方法或建议呢？非常感谢！

qmlearner

sobereva 发表于 2022-10-26 14:08
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
我也没什么好补充的

谢谢卢老师：))

sobereva

qmlearner 发表于 2022-10-25 10:42
卢老师您好，我让sobtop直接猜团簇的参数（1 //产生GROMACS拓扑文件，2 //指认GAFF原子类型，没法指认的 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
我也没什么好补充的

qmlearner

sobereva 发表于 2022-10-25 01:49
GFN1-xTB的Hessian实在太糙了
如果DFT实在算不动，若只是希望能维持住中间部分的刚性结构，不如直接让sobt ...

卢老师您好，我让sobtop直接猜团簇的参数（1 //产生GROMACS拓扑文件，2 //指认GAFF原子类型，没法指认的自动用UFF原子类型，4 //用预置的力场参数，缺失的自动猜），如果不考虑体系电荷的话，真空下测试之后，中间部分结构维持的比 GFN1的Hessian好多了。

因为我需要研究这个团簇跟其他分子之间的相互作用，所以在生成拓扑的时候就读取了RESP电荷，得到拓扑（链接: https://pan.baidu.com/s/1jgHykukXjR_WTBXxmfSh2A?pwd=1bn4 提取码: 1bn4），但真空下测试的时候提示Segmentation fault（用的是GMX2018.1），请问卢老师有什么建议吗？非常感谢！

sobereva

GFN1-xTB的Hessian实在太糙了
如果DFT实在算不动，若只是希望能维持住中间部分的刚性结构，不如直接让sobtop对中间部分直接猜bonded参数。如果届时之后MD跑完了还变形，可以再加大力常数