求助：如何使用packmol载入上一次平衡好的体系作为下一次模拟的初始结构

王纪峰 · 发表于 Post on 2022-10-30 21:09:21

朋友们好！
本人首先通过packmol构建了一个包含600个离子（正离子300，负离子300）的离子液体体系，然后经过em,NVT,NPT进行预平衡，平衡好之后得到了gro文件。
现在我想要用之前平衡好的体系（就是上述提到的平衡好后的gro，使用vmd将平衡好的最后一帧结构导出为pdb文件）作为下一次模拟的初始结构的一部分（同样使用packmol构建），请问这个平衡好的体系在packmol的inp文件中该如何写比较合适呢？如下列问题所示：
1.number数是写1吗？
2.inside box的尺寸，是和模拟后的盒子大小相一致吗？
3.此pdb文件使用packmol构建后，离子的相对坐标会发生变化吗？
十分感谢好心人的回答！！！

王纪峰 · 发表于 Post on 2022-11-3 14:59:06

对！就是这个意思，十分感谢社长回答！！！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-31 05:26:54

如果你是指之前模拟的盒子作为新的结构当中的一个子区域，number设1，且用fixed直接指定其出现的坐标就完了

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