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[GROMACS] 使用Gromacs后,gmx_MMPBSA的问题分享

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本帖最后由 十万嬉皮 于 2022-11-7 18:23 编辑

  自信的说我真是个很外行的人,分析讨论可以说是一塌糊涂。但是无奈的是后续还要同组同学要用分子动力学做实验,只好赶鸭子上架再把我拎出来了。很久以前我用g_mmpbsa做的后续能量分解。甚至没有用linux系统下运行的,而是上网花20块钱买的win系统下可以运行的脚本。但这个致命的点就在于我基本忘了该输入什么....。所以回到论坛再次寻找解决办法,直到看sob老师说已经可以抛弃g_mmpbsa,使用gmx_mmpbsa,因此决定捣鼓gmx_mmpbsa。 在跑完动力学,查阅一堆资料之后,我做出尝试例如在win下装wsl2 + ubuntu_20.xx,但是我真的不知道下载的一系列软件例如gmx,ambertools等等工具被放在哪,everything查过之后发现哪哪都是(我真的很讨厌给我默认安装在c盘里软件)。然后我就自己鼓捣装ubuntu系统,结果也是不停的犯错,因为我下载的ubuntu是连网站装的,但是我们学校校园网又要登录认证我是真的服了。最终经过几轮重装终于安装上了(B站大学很多教学,尽量跟着教学走,先学会走再去跑)。然后就是安装各种必要的软件,不多赘述。
  gmx_mmpbsa的安装方法某乎上也有,其实我建议结合gmx_mmpbsa官网与某乎大佬的内容一起看比较好。因为我一开始按着原网页的方法去安装,环境配置都做好了,结果到git这一步报错了,原因可能就是他说的:“在这里,要下载先前被删去的第16行:ParmED,这个库在一般的资源库里没有(比如清华镜像),需要用作者自己写的。因为墙的缘故,用git不方便”。到这一步准备条件就基本凑齐了。
  我的体系是:蛋白质(120个氨基酸)-小分子(31个原子,都是CHO)(化学物质) 用的社里2019年的gromacs培训教程做完的动力学模拟。
插句题外话:不得不说,跟着教程走完之后收益真的很大,前提是认真的听完和看完。此外,也正是因为涉足和我专业毫不相干的这个领域,教会了我独立思考,不停寻找解决办法的能力,最重要的还是我学会了用谷歌,摆渡搜什么不显示什么的特点真的能把人逼疯。
  之后就开始一连串的报错:

1. 内存报错:会直接把程序卡住,但我没经历过电脑被卡死机的情况,原因是这里说的“The nmode calculations require a considerable amount of RAM. Consider that the total amount of RAM will be:RAMtotal = RAM1_frame * NUM of Threads If it consumes all the RAM of the system it can cause crashes, instability or system shutdown!”解决办法是调低运行的核心数,-np后面把数字调低。然后进入下一个报错;
2. 在需要加入Top文件的时候,貌似还需要itp文件:这个我不确定,因为我在报错之前就已经想到了这事不对劲,结果报错后我就把itp加上直接又运行了一遍了,虽然后续还是在报错;
3. 轨迹文件处理:当我把跑动力学的索引文件添加到这个程序的时候,我发现他确实是根据我的索引文件走的,但是他自己又生成了一个组。原本最大的组是“23 protein_lig",之后查看他生成的gmx_MMPBSA.log文件时,他又生成了“Group 24 (GMXMMPBSA_REC_GMXMMPBSA_LIG) has 1869 elements”这个组。于是就报错,说我的轨迹文件和他自己生成complex.pdb原子数量不匹配。所以用“trjconv -f md.xtc -n index.ndx -o md_nonwat.xtc”提走了水的轨迹文件,再次运行提示计算成功。然后就进入到下一个问题;
4. 结果问题:因为我加了-nogui,所以尽管报错了,但是报错的不是gmx_mmpbsa的问题(貌似是pyqt5的版本太老或没有的问题,在他的官网上也有解释)我的问题是pbsa结合能过低,与gbsa相差很多。凭借我以前做出来的结果,是pbsa不对劲,有点太低了。

然后我就检查了能量的贡献,发现ΔGSOLV这个指标太大了。然后就上官网找了解决办法,因为在mmpbsa.in文件中的-inp设置默认选择的是2,虽然我看不太懂他说的“When using PB model, inp=2 is used as default to calculate total non-polar solvation free energy, that is, the total non-polar solvation free energy will be modeled as two terms: the cavity term and the dispersion term. The dispersion term is computed with a surface-based integration method closely related to the PCM solvent for quantum chemical programs. ” 但我看懂了他的possible solution “just add inp=1 in the &pb namelist variables in the input file”。更改inp=1后又运行了一次,确实变了:

  暂时告一段落,这部分内容算是暂时捋顺了。但是我不能确定我的输入文件中没有问题或者有可以更优的选项,目前还在一步一步的对照,看和我做的是否相关。如果有错误还请各位老师能指出来。另外如果有朋友犯了和我一样的错误也能有所参照。
  2022.11.-7
  后续进行了gmx_MMPBSA_ana作图程序,发现做出来还是比较好看的,可供调整的选项还不少。还可以一键对默认区域内(mmpbsa.in中的默认选择区域为 6埃),关键氨基酸做热图等等。
  其次进行了对这些关键氨基酸的虚拟丙氨酸扫描。需要注意的是,1. 每次只能选取单个氨基酸进行计算;2. 软件默认的A链是蛋白链(不确定)。




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发表于 Post on 2025-6-6 11:40:46 | 只看该作者 Only view this author
AaronBlacknine 发表于 2025-4-1 14:19
请问您解决了吗,最后如何解决的,我也出现了同样的问题

我解决了,我是因为topol.top文件中力场和itp等文件都是访问路径,但是可能是我安装的问题,没法访问,所以说找不到,然后我就把使用力场中相对应的键、非键、水、离子这些文件都粘贴到工作文件夹下,然后再把topol.top文件中这些文件的访问路径前缀删掉,只剩文件名,就解决了,不知道可不可以解决你的问题

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发表于 Post on 2025-4-30 10:20:18 | 只看该作者 Only view this author
有人遇到过这个问题么gmx trjconv failed when querying md.xtc
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
Exiting. All files have been retained.

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发表于 Post on 2025-4-15 20:38:27 | 只看该作者 Only view this author
关于时间DE 发表于 2024-9-20 20:08
估计是拓扑的top或者itp出问题了,用winscp远程传文件到服务器的

您好,请问这个问题您解决了吗,我也是windows穿到linux系统上的文件,一直报错这个

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发表于 Post on 2025-4-1 14:19:06 | 只看该作者 Only view this author
艾小野 发表于 2024-5-23 17:28
楼主您好,我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析,MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_ ...

请问您解决了吗,最后如何解决的,我也出现了同样的问题

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发表于 Post on 2024-12-16 18:06:30 | 只看该作者 Only view this author
你好 请问这个问题你解决了吗?我也出现了同样的问题

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发表于 Post on 2024-12-2 21:48:55 | 只看该作者 Only view this author
请问为啥我的蛋白配体算出来能量这么高啊,尤其是bond。后面贴上我的复合物模型,请问是否有问题,而且模拟过程中小分子没有飞出结合位点,我分析的轨迹是最后10ns,请问有佬帮我分析分析问题嘛,感觉结果非常离谱,尤其是小分子的能量

202412022146506299..png (540.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

202412022146506299..png

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发表于 Post on 2024-9-20 20:08:02 | 只看该作者 Only view this author
Loading0760 发表于 2024-9-20 10:03
没遇见过,但是这个报错就是python的,你的输入文件都是在命令行里可以看到的,涉及输入的文件就手动改一 ...

估计是拓扑的top或者itp出问题了,用winscp远程传文件到服务器的

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发表于 Post on 2024-9-20 10:03:48 | 只看该作者 Only view this author
关于时间DE 发表于 2024-9-19 22:50
您好,是因为ndx选错的问题,现在又有新的问题。在“Building Normal Complex Amber topology”过程中, ...

没遇见过,但是这个报错就是python的,你的输入文件都是在命令行里可以看到的,涉及输入的文件就手动改一下编码类型吧。

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发表于 Post on 2024-9-19 22:50:52 | 只看该作者 Only view this author
Loading0760 发表于 2024-9-14 11:53
gmx_MMPBSA它计算的时候,会调用index.ndx文件,例如计算结合能的时候,你选择蛋白质和配体的index,它会 ...

您好,是因为ndx选错的问题,现在又有新的问题。在“Building Normal Complex Amber topology”过程中,会进行报错“UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb9 in position 48: invalid start byte”,请问您知道这个过程是调用什么文件需要改成utf-8编码吗

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发表于 Post on 2024-9-14 11:53:40 | 只看该作者 Only view this author
关于时间DE 发表于 2024-9-14 11:39
您好,我在运行时遇到“gmx_MMPBSA does not support water/ions molecules in any structure, but we foun ...

gmx_MMPBSA它计算的时候,会调用index.ndx文件,例如计算结合能的时候,你选择蛋白质和配体的index,它会自己生成ligand,receptor和complex的结构,报错提示有水或者离子,你先确定一下,这个是离子是你的配体吗?如果不是,就说明你的index选错了。使用gmx make_ndx检查一下,不需要专门删除的。

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发表于 Post on 2024-9-14 11:39:00 | 只看该作者 Only view this author
您好,我在运行时遇到“gmx_MMPBSA does not support water/ions molecules in any structure, but we found 32 molecules in the complex.”这个报错,请问是需要把32个离子删除才能进行分析吗。

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发表于 Post on 2024-6-26 15:59:47 | 只看该作者 Only view this author
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '\\#ifdef'
Error occurred on rank 0.
Exiting. All files have been retained.
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
请问这个怎么处理啊

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发表于 Post on 2024-5-23 17:28:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 艾小野 于 2024-5-23 21:28 编辑

楼主您好,我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析,MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_parmbsc力场做的,小分子用的Sobtop的GAFF力场生成文件,在mpirun的时候报错显示"Could not find amber14sb_parmbsc.ff/forcefield.itp",是不是就是您提到的不仅需要添加topol,还需要加入itp文件,想请教您是如何添加的呢?



已找到问题原因,因为我没有把这个itp文件虽然粘贴到目录下,但是名称和topol文件中不一致

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发表于 Post on 2023-4-17 18:04:26 | 只看该作者 Only view this author
您好,我在安装过程中也参考了知乎和官网的教程,但是我删除了git这一行之后是failed 不知道是什么原因
不羡大神不羡仙,努力学习每一天

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