计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1652|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 请问要如何优化出局域极小值点

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

165

eV
积分
182

Level 3 能力者

刚开始学优化,尝试着用高斯view构造的初始结构进行优化,但是每次优化最终都收敛在Anti构象。#p b3lyp/6-31g gfinput opt=(maxcyc=500) scf=(maxcyc=500,conver=8)
这是优化出来的结构,请问如果想优化到Syn构象,需要学习或者注意些什么呢,求大佬指导。



202211200949561008..png (154.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202211200949561008..png

197

帖子

0

威望

2255

eV
积分
2452

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2022-11-20 20:51:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 rugals 于 2022-11-20 20:52 编辑
真步 发表于 2022-11-20 20:17
非常感谢,但是还有一个问题,我在G16上使用B3LYPD3/def2-SVP关键词进行尝试,结果在LINK1就出现报错,用 ...

你这么写关键词 高斯不认识
D3是写成em=gd3 def2-svp的横杠去掉

211

帖子

0

威望

572

eV
积分
783

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2022-11-20 20:48:47 | 只看该作者 Only view this author
(1)我不是大佬,我只是个学生
(2)在http://sobereva.com/210的后半段,社长非常详细地写了怎么在高斯中规范地使用DFT-D。
(3)在https://gaussian.com/basissets/上面有高斯能识别的各个基组关键词的写法。

17

帖子

0

威望

165

eV
积分
182

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 20:17:25 | 只看该作者 Only view this author
wjc404 发表于 2022-11-20 12:39
https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0022286001005932对二苯乙二酮的OCCO二面角进行了扫描,只有一个 ...

非常感谢,但是还有一个问题,我在G16上使用B3LYPD3/def2-SVP关键词进行尝试,结果在LINK1就出现报错,用b3lyp/6-31g却能正常计算。
我特别想重复一下大佬的柔性扫描,想请教一下是哪个环节出现了问题,像这样的计算会使用多少计算资源。

%chk=pi2.chk
%mem=4GB
%nprocs=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
-----------------------
#p B3LYPD3/def2-SVP opt
-----------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p B3LYPD3/def2-SVP opt
  
Last state= "GCL"
TCursr=      3918 LCursr=         3
Error termination via Lnk1e in /home/software/g16A03/g16/l1.exe at Sun Nov 20 19:55:50 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

17

帖子

0

威望

165

eV
积分
182

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 19:56:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-20 13:52
甭用这种垃圾基组,仔细看下文之前不要做任何计算,白浪费时间
谈谈量子化学中基组的选择
http://soberev ...

谢谢sob老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-11-20 13:52:27 | 只看该作者 Only view this author
甭用这种垃圾基组,仔细看下文之前不要做任何计算,白浪费时间
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

甭写scf=(maxcyc=500,conver=8) gfinput 这种垃圾关键词,好好看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

Syn型分子内色散作用不可忽视,用B3LYP必须带上D3,仔细看下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

建议把下文也看了,免得老犯低级错误
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

211

帖子

0

威望

572

eV
积分
783

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2022-11-20 12:39:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wjc404 于 2022-11-20 12:55 编辑

https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0022286001005932对二苯乙二酮的OCCO二面角进行了扫描,只有一个最小点,是介于顺式和反式之间的扭曲式。

用B3LYP-D3/def2-SVP对二苯乙二酮的OCCO二面角做柔性扫描,得到下图,只有一个最低点。

这也比较好理解,二苯乙二酮的两个PhCO基团之间的共轭本来就不强(平面化倾向不强),顺式时两个苯环空间排斥太强,反式时一个PhCO的2号位氢和另一个PhCO的氧有空间排斥。

393

帖子

1

威望

5151

eV
积分
5564

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2022-11-20 10:53:13 | 只看该作者 Only view this author
一个E式一个Z式
建模的时候通过二面角调整初始结构,一般情况下如果有极小值点的话,opt过程会落到这个点的。

32

帖子

0

威望

1235

eV
积分
1267

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2022-11-20 10:11:30 | 只看该作者 Only view this author
建模的时候最大限度让模型接近于想得到的结构,如果想找能量最小点的结构可以对于柔性分子可以进行构象搜索
感谢每位帮助过我的人

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 21:45 , Processed in 0.175841 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list