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[GROMACS] 求助Gromacs模拟swissmodel同源模建得到的蛋白与小分子对接后的结构出错

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我在swissmodel将同源模建得到的蛋白与设计的小分子进行分子对接后,做到动力学这一步时,输入命令gmx mdrun -deffnm md_0_10显示如下:


求教各位大神,具体该怎么解决这个问题,Gromacs小白一枚。

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公社社长

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发表于 Post on 2022-11-25 20:11:33 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ Gromacs求助” 改了,以后务必注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-25 16:46:48 | 只看该作者 Only view this author
谢谢牧生大侠,已解决(删除-update gpu)。

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发表于 Post on 2022-11-25 14:42:34 | 只看该作者 Only view this author
你是不是用了-update gpu命令。该命令不支持虚拟点的
又菜又爱玩

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