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[新手求助] 分子的脱羧的过渡态跑IRC两端的结构一样

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各位老师,我在找这个分子的脱羧的过渡态,用了b3lyp/6-311+g(d,p),加了溶剂模型(pcm)。TS优化好之后,跑IRC确认,stepsize=15,结果如图,两个方向都优化到了一个结构上,这时候应该加大步长吗?还是说TS优化得不够好?

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发表于 Post on 2022-11-27 01:06:29 | 只看该作者 Only view this author
huahuasky 发表于 2022-11-26 12:31
好的,谢谢老师~ 忽略这个脱羧的问题,IRC两边结构一样是怎么处理呢????

IRC(LQA,calcfc,recalc=10,stepsize=30,maxpoints=50)再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-26 18:57:35 | 只看该作者 Only view this author
huahuasky 发表于 2022-11-26 11:28
是不是说,假设TS优化的精度是够的,而且计算关键词没有问题的情况下,IRC不正常可能是因为TS非常不合理 ...

TS不合理可能会增加IRC不正常的概率,但两者既不是充分条件关系也不是必要条件关系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 18:36:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-26 17:42
按http://sobereva.com/400的方法处理

因为我把步长从15改到20,还是两边一样  所以我想问是不是因为这个TS本质上就非常不合理

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 18:28:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-26 17:42
按http://sobereva.com/400的方法处理

是不是说,假设TS优化的精度是够的,而且计算关键词没有问题的情况下,IRC不正常可能是因为TS非常不合理?比如这个脱羧,尽管能找到TS,但实际上根本不可能带着质子发生脱羧,所以就算优化到了TS,但IRC也会出问题?

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发表于 Post on 2022-11-26 17:42:11 | 只看该作者 Only view this author
huahuasky 发表于 2022-11-26 05:31
好的,谢谢老师~ 忽略这个脱羧的问题,IRC两边结构一样是怎么处理呢????

http://sobereva.com/400的方法处理
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-11-26 15:11:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-11-26 15:17 编辑
huahuasky 发表于 2022-11-26 12:35
是不是说这个TS根本不合理,所以没有对应的IRC?

同意wzk的观点。那个六员碳环是苯环吗?
可能-C(H)COOH+先脱去一个H+变成-C(H)COO-再脱羧,这样就不会脱出COOH出来。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 12:35:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-26 03:27
你查一下酸性条件下脱羧的机理。一般来说,即便在羧酸以质子化形式为主的pH下,仍然是先脱质子再脱羧,或 ...

是不是说这个TS根本不合理,所以没有对应的IRC?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 12:31:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-26 03:27
你查一下酸性条件下脱羧的机理。一般来说,即便在羧酸以质子化形式为主的pH下,仍然是先脱质子再脱羧,或 ...

好的,谢谢老师~ 忽略这个脱羧的问题,IRC两边结构一样是怎么处理呢????

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发表于 Post on 2022-11-26 03:27:58 | 只看该作者 Only view this author
huahuasky 发表于 2022-11-25 17:16
谢谢老师,这是根据实验算的,pH2,所以想着羧基都质子化了,没有很明确的实验证据会不会脱羧,计算就相 ...

你查一下酸性条件下脱羧的机理。一般来说,即便在羧酸以质子化形式为主的pH下,仍然是先脱质子再脱羧,或者至少把质子转移到旁边的某个基团上再脱羧。原因很简单,脱羧是由CO2的稳定性驱动的,如果不脱质子,那相当于要掉一个CO2H+,产物极其不稳定,缺乏热力学驱动力。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 00:16:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-25 23:22
首先一个问题,脱羧反应一般都是从羧酸负离子脱吧,不是从羧酸脱吧

谢谢老师,这是根据实验算的,pH2,所以想着羧基都质子化了,没有很明确的实验证据会不会脱羧,计算就相当于试一试叭....

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 00:14:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-26 00:07
主动交代完整两次计算用的所有关键词,不要隐藏任何细节

啊抱歉抱歉,没写清楚,谢谢老师,TS优化的关键词是“opt=(calcfc,noeigen,ts) freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=water)”,IRC是“irc=(lqa,calcfc,maxpoints=50,stepsize=15) b3lyp/6-311+g(d,p) scrf(solvent=water) guess=read geom=allcheck”,就直接读的TS的chk

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发表于 Post on 2022-11-26 00:07:20 | 只看该作者 Only view this author
主动交代完整两次计算用的所有关键词,不要隐藏任何细节
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发表于 Post on 2022-11-25 23:22:16 | 只看该作者 Only view this author
首先一个问题,脱羧反应一般都是从羧酸负离子脱吧,不是从羧酸脱吧
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