极性表面的吸附

一直走

  最近看到一篇博士论文，关于极性表面的吸附，由于该表面的上下面均为极性表面，在优化过程中，为了防止极性面上下层电荷之间的物理性转移，其内部残余电场需通过赝氢饱和下表面悬挂键的方式进行淬灭。是不是关于此类极性面的吸附问题，都需要考虑赝氢饱和，或者是不考虑电荷在这两个极性面之间的转移，对结构并无太大影响？还请老师指点~

wcce

请问您是否可以分享一下文献 最近在学校表面相关知识 关于表面的极性与非极性问题 存在困惑 麻烦啦

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-24 12:47
1、可以忽略，程序只是不按照四面体的方法来做非自洽的过程而已；
2、如果要计算性质的话自然要勾选上prop ...

明白了，谢谢老师~

卡开发发

1、可以忽略，程序只是不按照四面体的方法来做非自洽的过程而已；
2、如果要计算性质的话自然要勾选上properties，如果离子弛豫过程没有勾选的话，你可以在弛豫结束对计算完成的结构做自洽计算并勾选性质即可。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 13:59
1、可以。我的意思正是如此，不知道如何平移网格的话直接取奇数就行；
3、没啥参考价值，建议最好考查输 ...

跟老师更新一下进度，我按照老师的提示，改了上面提到的参数，结果是正常结束，但是那个waring还是没有去掉，不知这个waring是否可以忽略掉呢？
还有一个问题，我对一个结构只算了优化，properties里啥也没选，然后在out文件里找不到mulliken charge，如果想看mulliken charge的话，是否必须勾上properties里的布局分析？

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 13:59
1、可以。我的意思正是如此，不知道如何平移网格的话直接取奇数就行；
3、没啥参考价值，建议最好考查输 ...

好的，太感谢老师了，我再学习一下关于各个参数的实际意义，一定是我对计算过程中的参数设置一直糊里糊涂的，所以在计算过程中才会不是这出问题，就是那不正常了，感谢老师的耐心解答~

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 12:52
谢谢老师，解释的很详细，刚接触MS，对各方面都在摸索中，多谢老师的提示了~
1). 我现在还没接触到怎么 ...

1、可以。我的意思正是如此，不知道如何平移网格的话直接取奇数就行；
3、没啥参考价值，建议最好考查输出中的-kTeS项的大小，否则能量的误差是很大的；
4、在properties的band或是dos（看你算什么）把empty band的数目从12修改到更高；
5、这是很麻烦，100原子的体系12核心服务器我都得考虑两台并行，速度上才能让人接受；现在手头也没有空的节点了。

目前来说出错原因不明，没有明确的报错信息。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 11:41
不去掉也能做出来，问题可能不是这个。你把其他文件都打包上来看看吧，这里暂时没记录错误信息。一般到布 ...

谢谢老师，解释的很详细，刚接触MS，对各方面都在摸索中，多谢老师的提示了~
1). 我现在还没接触到怎么平移网格，针对这个工作能不能直接将K点手动设置为奇数呢？
2). 截断半径我会增大看看，比较与之前的不同
3).smearing设的是默认值，如果一系列的计算都是这个参数，那么能量的相对值应该是可以参考用的吧？
4).关于空带数，是因为我的参数设置有问题才导致它比较小吗，我应如何修改？
5).因为最近学校的服务器坏了（院里的东西，一出问题就搁置老长时间没人管，您懂得~），又着急想弄懂这方面的东西，所以就用的单机探探路~

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 11:03
恩，对，没有错误提示，只有最后一行提示了Waring，然后band structure的out文件也没出来，我是不是应该 ...

不去掉也能做出来，问题可能不是这个。你把其他文件都打包上来看看吧，这里暂时没记录错误信息。一般到布居分析这一步，其实计算应该完成了，有可能是写入有问题。

先不说别的，看起来你这计算参数问题还挺多：
（1）六方晶格尽可能采用三个分量全是奇数的kpoints，如果你熟悉怎么平移k网格的话，能把网格移动使之过Gamma点也是可以的；
（2）截断半径太小了，3.3A显然不够，一般至少4A以上会比较保险，http://bbs.keinsci.com/forum.php ... d=26820&fromuid=308这里就是个相当好的反例；
（3）smearing太大，-kTS_e= -0.0079964Ha，如果你减小一点smearing，能量可能差别不小；（4）100原子的空带数才12，太小了，可能整个导带显示不全。
（5）2核心算100原子，相当吃力啊。

一直走

这是DOS.out文件,和band structure一块算的，但是后者没出out文件

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-22 10:52
这个Waring应该是计算的时候采用了smearing，所以程序默认就不采用四面体的方法对DOS进行计算了，造成错 ...

恩，对，没有错误提示，只有最后一行提示了Waring，然后band structure的out文件也没出来，我是不是应该把smearing去掉试试，但是我算O的时候，也是勾了smearing的，正常结束呢~

卡开发发

liu_tiao 发表于 2016-6-22 10:37
warning，有些不用管，没事。error才是错误啦。

这个Waring应该是计算的时候采用了smearing，所以程序默认就不采用四面体的方法对DOS进行计算了，造成错误的应该是其他原因。

liu_tiao

卡开发发 发表于 2016-6-22 10:20
这个Warning不是错误，如果有提示出错，把outmol发来看下。

warning，有些不用管，没事。error才是错误啦。

卡开发发

一直走 发表于 2016-6-22 08:48
老师，再请教您一个问题，我在用O替换石墨中的C时，算DOS和band structure，正常结束，但是我把O换成N， ...

这个Warning不是错误，如果有提示出错，把outmol发来看下。

一直走

卡开发发 发表于 2016-6-2 12:08
这两个结构我都试了一下单胞，发觉表面都出现了很严重的再构（这意味直接切的表面离最终的结构差距较大） ...

老师，再请教您一个问题，我在用O替换石墨中的C时，算DOS和band structure，正常结束，但是我把O换成N，算DOS和band structure就报错了：
Warning: no tetrahedra information available tetrahedron DOS cannot be calculated

请问这是什么意思呢，是与我的结构有关吗？