计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1114|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 关于丙烷中C—C原子相互作用与键级的变化关系分析

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

330

eV
积分
337

Level 3 能力者

大家好,我阅读了http://sobereva.com/82中关于对称破缺计算的概念和例子,然后在对丙烷中的C—C键解离过程进行柔性扫描从3埃到1埃(具体的输入文件如下)。在对比了使用对称破缺计算前后的能量是一致的,然后我对输出的波函数文件使用Multiwfn分别进行Mayer键级和Laplacian键级的计算,遇到两个问题:
1.Mayer键级在对称破缺计算下虽然得到了收敛,但断键的键级拐点依然长达2.5埃左右,感觉上并不符合化学直觉?如果想要通过键级的方式来判断原子的成断键情况,Laplacian键级曲线似乎更合理。
2.虽然Laplacian键级描述碳碳键在平衡位置(1.5埃)给出了比较好的数值(约1.0),但由于解离曲线是指数函数,随着键长进一步减小,键级大小不断增长到3.0甚至更高,想问下大家,对于原子间距进一步减小时,相互之间的斥力对共价键的稳定性应该如何描述?这种情况下用LBO是否还有意义?


HS8(U_J_QOGNQ7S]NRC8ZJQ.png (18.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

丙烷的Gaussian建模

丙烷的Gaussian建模

6KQ{VK]J8F3I8[1FHE$QD4H.png (86.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

柔性扫描的输入文件

柔性扫描的输入文件

6[H9YSK(3`T`UWR2C)I8E6S.png (23.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

对称破缺计算下的能量

对称破缺计算下的能量

B_COTM6)4SLG42{D[UCM.png (25.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

使用Mayer和Laplacian分别计算C—C键的解离曲线

使用Mayer和Laplacian分别计算C—C键的解离曲线

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
921927965 + 5 欢迎讨论

查看全部评分 View all ratings

1043

帖子

0

威望

4112

eV
积分
5155

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2022-11-30 18:54:06 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
我倒觉得lz的问题在于没有理解Mayer键级的本质含义。Mayer键级(或者正交原子基函数下的Wiberg键级)是衡量两原子间电子对共享的平均程度的——绝对平均共享,键级为1;绝对不平均共享(即百分百极化或离子性),则键级为0。对于同类型的共价键,并且在平衡几何构型的键长范围,Mayer键级近似与键强度有相关性。具体回到lz的问题,当拉长C—C键时,由于是均裂,所以CC间的电子对始终被两原子所平均共享,这就是为什么当CC拉得很长时Mayer键级仍然接近于1的原因。

7

帖子

0

威望

330

eV
积分
337

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 11:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-30 10:39
成键还是断键没有一刀切的标准,下文明确说了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(h ...

感谢sob老师解答!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112552

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-11-30 10:39:02 | 只看该作者 Only view this author
成键还是断键没有一刀切的标准,下文明确说了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

Mayer键级对解离行为缺乏正确的描述,没法拿来说事。泛函的HF成分越大,对称破缺出现的倾向性越强,对称破缺出现的点(不稳定点)越早,这只是理论计算层面上的概念,并没有化学上的意义。

把键相对于平衡距离严重缩短时用拉普拉斯键级并不能讨论什么。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

7

帖子

0

威望

330

eV
积分
337

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 09:53:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-29 23:16
Mayer键级的拐点对应于RKS参考态出现不稳定性的点,而RKS参考态在多少键长下出现不稳定性和泛函精度关系很 ...

明白了,感谢解答!

1万

帖子

0

威望

7406

eV
积分
18181

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2022-11-29 23:16:14 | 只看该作者 Only view this author
Mayer键级的拐点对应于RKS参考态出现不稳定性的点,而RKS参考态在多少键长下出现不稳定性和泛函精度关系很大,不是体系的固有性质,所以Mayer键级的拐点的化学意义很有限。事实上可以证明,如果用精确的泛函来计算,那么即使这根键拉到无穷长,Mayer键级也不会降到0,而是趋于1附近的某个值,也就是没有拐点。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

7

帖子

0

威望

330

eV
积分
337

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 19:18:49 | 只看该作者 Only view this author
附上我把C—C键拉到0.7埃绘制的ELF填色平面图,碳碳键在0.7埃下的共价键强度似乎没有这么明显了

202211291917194694..jpg (229.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

202211291917194694..jpg

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 21:49 , Processed in 0.180369 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list