VMD统计氢键数量——氢键饱和性的问题

吞木木 · 发表于 Post on 2022-12-1 16:06:29

本帖最后由吞木木于 2022-12-1 16:06 编辑

在使用VMD的H键统计小工具的时候，设置氢键的长度为3.5埃，角度为35°，但是这样最后统计出来的结果不满足氢键的饱和性，就是一个H原子可能被统计的时候形成了两个氢键，如下图。我想问下大家这种情况应该怎么避免啊？

吞木木 · 发表于 Post on 2022-12-2 07:54:52

sobereva 发表于 2022-12-2 02:57
MD过程中瞬时一个氢形成两个氢键（满足几何判据）是非常正常的事，没什么可避免的

好嘞，谢谢社长的恢复

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-2 02:57:34

MD过程中瞬时一个氢形成两个氢键（满足几何判据）是非常正常的事，没什么可避免的

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