leap怎么消除自动键连的警告

llh

在为一个小分子（涕灭威）生成top和crd文件的时候，leap出现警告，两个本不该成键的原子成键了，查了原因，说是提供给配体的PDB文件也有同样的问题，需要关注如何生成配体结构，并在运行leap之前修复它。请问该如何修复呢。是不是原本的结构就不合理呢？需要先最小化一下吗还是该怎么处理呢，新手小白，非常感谢帮助，谢谢！！
> check x
Checking 'x'....
WARNING: There is a bond of 4.560590 angstroms between:
-------  .R<MOL 528>.A<C5 15> and .R<MOL 528>.A<N1 17>
WARNING: There is a bond of 4.345599 angstroms between:
-------  .R<MOL 528>.A<C4 11> and .R<MOL 528>.A<H8 13>
WARNING: There is a bond of 5.048822 angstroms between:
-------  .R<MOL 528>.A<C4 11> and .R<MOL 528>.A<H9 14>
WARNING: There is a bond of 3.631310 angstroms between:
-------  .R<MOL 528>.A<C2 6> and .R<MOL 528>.A<C5 15>




我是从pdb文件中提取的小分子配体，生成参数文件.prep和.mod。

sylar

小分子力场参数生成没有问题的话不用管这个警告，pdb末尾的键连关系删除

rpestana94

It will be good to see the pdb, also have you tried with the pdb without hydrogens?