求助：RMSD：模拟后去除水轨迹的xtc文件，如何处理生成与之原子数匹配的md.tpr文件？

柠檬甜死啦 · 发表于 Post on 2022-12-18 13:41:04

我在处理模拟后的数据，首先对xtc.gro文件处理，产生去除水的轨迹，后续用命令：gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg，生成xvg文件的时候报错如下：
Fatal error:
Molecule in topology has atom numbers below and above natoms (4027).You are probably trying to use a trajectory which does not match the first4027 atoms of the run input file.
You can make a matching run input file with gmx convert-tpr.

看报错的提示是因为md.tpr文件中原子数与轨迹原子数不匹配。这个md.tpr我用的是跑MD之前的，里面是含有水的，那么怎么用gmx convert-tpr. 把它处理成语xtc一致呢？
请大家指点

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-7-31 16:19:13

Jamie520 发表于 2023-7-30 20:26
Sob老师，我pdb中有一个非常见氨基酸，于是我补充了一个这个氨基酸的坐标进去。在计算xvg时，也报了楼上 ...

可以通过修改力场文件目录下的residuetypes.dat文件，将非标准残基定义为蛋白质，然后按常规流程操作，这样比手动改ndx更不容易出错

Jamie520 · 发表于 Post on 2023-7-30 20:26:01

sobereva 发表于 2022-12-18 18:24
trjconv把gro文件也转成无水的，然后gmx rms把gro和xtc相结合使用

Sob老师，我pdb中有一个非常见氨基酸，于是我补充了一个这个氨基酸的坐标进去。在计算xvg时，也报了楼上同样的错误。原index文件中有2375个原子，运行后tpr文件只剩2367个原子，刚好少了补充氨基酸的8个原子。

但是我几番确认index文件分组时protein里面带上了这个氨基酸，且原子数没有问题，这是什么原因导致的呢？应该如何解决原子数不一致的问题？

mol · 发表于 Post on 2022-12-27 14:14:54

对抗路达摩发表于 2022-12-23 13:53
可以用convert-tpr
gmx convert-tpr -s md.tpr -o fixed.tpr
然后选择protein组也就是你输出xtc的组

这招也不错

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-26 14:27:17

对抗路达摩发表于 2022-12-23 13:53
可以用convert-tpr
gmx convert-tpr -s md.tpr -o fixed.tpr
然后选择protein组也就是你输出xtc的组

好的，多谢！

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2022-12-23 13:53:47

qingqingdong 发表于 2022-12-20 10:12
您好，请问调好了吗，能把具体命令打一下吗，是把去水后的gro文件和xtc文件再放到一个命令里吗，我有点没 ...

可以用convert-tpr
gmx convert-tpr -s md.tpr -o fixed.tpr
然后选择protein组也就是你输出xtc的组

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-20 16:08:28

柠檬甜死啦发表于 2022-12-18 20:03
不过sob老师，您之前讲过，通常计算RMSD，我们是选择第一帧结构作为参考结构，那这里如果选用MD之后的gro ...

载入gro之后显然要把仅有的一帧删了再载入轨迹
又不是让你用gro里的结构当参考结构。载入gro的目的是给VMD提供原子信息

qingqingdong · 发表于 Post on 2022-12-20 10:12:52

柠檬甜死啦发表于 2022-12-18 18:39
好的，明白了，谢谢sob老师

您好，请问调好了吗，能把具体命令打一下吗，是把去水后的gro文件和xtc文件再放到一个命令里吗，我有点没搞明白

柠檬甜死啦 · 发表于 Post on 2022-12-18 20:03:38

sobereva 发表于 2022-12-18 18:24
trjconv把gro文件也转成无水的，然后gmx rms把gro和xtc相结合使用

不过sob老师，您之前讲过，通常计算RMSD，我们是选择第一帧结构作为参考结构，那这里如果选用MD之后的gro文件作为参考结构，会不会不太合适？

柠檬甜死啦 · 发表于 Post on 2022-12-18 18:39:21

sobereva 发表于 2022-12-18 18:24
trjconv把gro文件也转成无水的，然后gmx rms把gro和xtc相结合使用

好的，明白了，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-18 18:24:18

trjconv把gro文件也转成无水的，然后gmx rms把gro和xtc相结合使用

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