运行em.gro时离子和水无法形成一个文件

kellyisgood

运行命令：
gmx_mpi make_ndx -f em.gro -o index.ndx
报错提示：

kellyisgood

sobereva 发表于 2022-12-23 13:21
以后直接上传文件，不要把文件内容手动放到文本文件里，完全莫名其妙

gro这种纯文本文件，超过500KB的 ...

好的社长 当时太着急了 下次注意

sobereva

kellyisgood 发表于 2022-12-21 21:40
复制到文档里了 老师您在帮忙看一下吧

以后直接上传文件，不要把文件内容手动放到文本文件里，完全莫名其妙

gro这种纯文本文件，超过500KB的一律压缩后再上传，置顶的社员必读贴明确强调过了

kellyisgood

牧生 发表于 2022-12-22 10:45
一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.

老师您好 我跑em.gro依然报错，是不是我其它文件有问题呢？但我都是按照官方的教程走的，具体要检查的话一时还没有头绪，希望您能帮我指点一下

kellyisgood

牧生 发表于 2022-12-22 10:45
一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.

好奇怪，刚刚试了一下还是如下报错
Copied index group 14 'SOD'
Copied index group 15 'Water'
One of your groups is not ascending
Group is empty

牧生

一切操作正常，2019.6

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx make_ndx, version 2019.6
Executable:   D:\gmx2019.6_win64_GPU\gmx2019.6_GPU\bin\gmx.exe
Data prefix:  D:\gmx2019.6_win64_GPU\gmx2019.6_GPU
Working dir:  C:\Users\Administrator\Desktop
Command line:
  gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx


Reading structure file
Going to read 0 old index file(s)
Analysing residue names:
There are:   459    Protein residues
There are:     9      Other residues
There are: 22791      Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...

  0 System              : 75601 atoms
  1 Protein             :  7044 atoms
  2 Protein-H           :  3548 atoms
  3 C-alpha             :   459 atoms
  4 Backbone            :  1377 atoms
  5 MainChain           :  1835 atoms
  6 MainChain+Cb        :  2259 atoms
  7 MainChain+H         :  2273 atoms
  8 SideChain           :  4771 atoms
  9 SideChain-H         :  1713 atoms
10 Prot-Masses         :  7044 atoms
11 non-Protein         : 68557 atoms
12 Other               :   184 atoms
13 UNK0                :   176 atoms
14 SOD                 :     8 atoms
15 Water               : 68373 atoms
16 SOL                 : 68373 atoms
17 non-Water           :  7228 atoms

nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups
'a': atom       '&': and  'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
't': atom type  '|': or   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
'r': residue              'res' nr         'chain' char
"name": group             'case': case sensitive           'q': save and quit
'ri': residue index

> 1|13

Copied index group 1 'Protein'
Copied index group 13 'UNK0'
Merged two groups with OR: 7044 176 -> 7220

18 Protein_UNK0        :  7220 atoms

> 14|15

Copied index group 14 'SOD'
Copied index group 15 'Water'
Merged two groups with OR: 8 68373 -> 68381

19 SOD_Water           : 68381 atoms

kellyisgood

Jotaro 发表于 2022-12-21 22:32
直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

好的老师，谢谢解答。目前我的水和离子还是无法形成一个文件，是我的index文件有问题吗

Jotaro

kellyisgood 发表于 2022-12-21 22:42
有在linux上用的满？可以分享一下吗

linux自己编译，一般不会出问题

kellyisgood

Jotaro 发表于 2022-12-21 22:32
直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

有在linux上用的满？可以分享一下吗

Jotaro

kellyisgood 发表于 2022-12-21 22:28
啊 那是我自己装的gromacs的问题吗
还是我缺少什么文件呀

直接在windows下用sob老师预编译好的做index文件

kellyisgood

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:52
我用sob老师预编译的Gromacs 2020.6在windows下可以正常生成。

啊 那是我自己装的gromacs的问题吗
还是我缺少什么文件呀

Jotaro

我用sob老师预编译的Gromacs 2020.6在windows下可以正常生成。

kellyisgood

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:30
看看新人必读里怎么传文件，gro不能就这几十行

复制到文档里了 老师您在帮忙看一下吧

Jotaro

kellyisgood 发表于 2022-12-21 21:26
不好意思老师 我好像传不了那个文件  以上是em.gro文件里的全部内容

看看新人必读里怎么传文件，gro不能就这几十行

kellyisgood

Jotaro 发表于 2022-12-21 21:00
我的意思是，发一下文件

不好意思老师 我好像传不了那个文件  以上是em.gro文件里的全部内容