含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢？

wmg166

   请教高手，含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢，怎样提高计算速度。我在用64核超算结构优化。Ti 的化合物与 Co 形成的异质结。INCAR 如下：
Global Parameters
ISTART =  1            (Read existing wavefunction; if there)
ISPIN  =  1            (Non-Spin polarised DFT)
# ICHARG =  11         (Non-self-consistent: GGA/LDA band structures)
LREAL  = .FALSE.       (Projection operators: automatic)
ENCUT  =  550        (Cut-off energy for plane wave basis set, in eV)
PREC   =  Normal       (Precision level)
LWAVE  = .TRUE.        (Write WAVECAR or not)
LCHARG = .FALSE.       (Write CHGCAR or not)
ADDGRID=.FALSE.       (Increase grid; helps GGA convergence)
Electronic Relaxation
ISMEAR =  0            (Gaussian smearing; metals:1)
SIGMA  =  0.05         (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM   =  90           (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  6            (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-05        (SCF energy convergence; in eV)
# GGA  =  PS           (PBEsol exchange-correlation)

Ionic Relaxation
NSW    =  100          (Max ionic steps)
IBRION =  2            (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi-New; 2-CG)
ISIF   =  2            (Stress/relaxation: 2-Ions, 3-Shape/Ions/V, 4-Shape/Ions)
EDIFFG = -2E-02        (Ionic convergence; eV/AA)
# ISYM =  2            (Symmetry: 0=none; 2=GGA; 3=hybrids)

kubingxia23

可能还是K点设置的太密了 从Gamma-point only开始做一个收敛性测试看看？

另外Ti和Co有多种赝势可选，价电子数不同计算的速度也会有明显的差距

wmg166

好像一般NPAR=4 比较快

876449830

wmg166 发表于 2023-2-3 22:34
您看一下   ，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m  
             total       used  ...

看不出来，你多观察几次内存情况，尤其是缓存部分；还有测试NPAR

wmg166

876449830 发表于 2023-2-2 12:51
有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并 ...

您看一下   ，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m  
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:  64410      40154      24255          0        523      20507
-/+ buffers/cache:      19123      45286
Swap:        65546         13      65533
[root@node01 ~]# free
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:  65956372   41113572   24842800          0     535988   20999384
-/+ buffers/cache:   19578200   46378172
Swap:     67119532      13512   67106020




另一台：
[root@localhost ~]# free  -m
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:     64244       16500       38242         122        9500       46970
Swap:    32255           0       32255
[root@localhost ~]# free
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:  65786428    16896260    39161300      125064     9728868    48098048
Swap: 33030140           0    33030140  



第三台 ：   [root@localhost ~]# free -m
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:    128738       71368       56749         330         620       56466
Swap:    4095           0        4095
[root@localhost ~]# free
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:      131828324    73081016    58112232      338024      635076    57821792
Swap:       4194300           0     4194300

wmg166

wsz 发表于 2023-1-30 08:57
对于大体系，可以设置LREAL  = AUTO

我设置  LREAL  = AUTO   ，计算进行不了 ？  why   ？   求指点

876449830

waitingseven 发表于 2023-2-1 11:10
我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录 ...

有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并不是慢就是全怪计算机。。。

sobereva

用CP2K优化这种尺寸的体系极其轻松，像样的双路服务器下不超过两分钟就能结构优化一步，结果立等可取。图快用CP2K是首选

waitingseven

wmg166 发表于 2023-2-1 09:52
我的32核，64 G内存。   我不懂编译，可能是编译有问题。。  有空您可以帮我看一下吗   ？   您QQ多少 ？ ...

我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录的编译视频，按照教程自己操作起来比较简单

wmg166

waitingseven 发表于 2023-1-29 22:47
64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？

我的32核，64 G内存。   我不懂编译，可能是编译有问题。。  有空您可以帮我看一下吗   ？   您QQ多少 ？    我QQ ：1870891108

wsz

对于大体系，可以设置LREAL  = AUTO

waitingseven

wmg166 发表于 2023-1-29 21:49
截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4   ,  计算速度依然很慢,  三天才一步。 怎么办

64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？

wmg166

waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...

截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4   ,  计算速度依然很慢,  三天才一步。 怎么办

wmg166

wmg166 发表于 2023-1-14 10:06
ok   3Q

这个INCAR 如顶楼所示，EDIFF  =  1E-05。  OSIZCAR 这样，是不是快收敛了 ？
DAV:  47    -0.925785643690E+03   -0.12776E-04   -0.14932E-04  8384   0.272E-02    0.668E-02
DAV:  48    -0.925785639866E+03    0.38237E-05   -0.11064E-04  7680   0.237E-02    0.289E-02
DAV:  49    -0.925785645465E+03   -0.55996E-05   -0.44770E-05  7680   0.154E-02
   4 F= -.92578565E+03 E0= -.92562541E+03  d E =0.526564E+01
curvature:   4.28 expect dE= 0.231E+03 dE for cont linesearch  0.831E+02
ZBRENT: bracketing found
ZBRENT: interpolating
opt :   4.6410  next Energy=  -936.660382 (dE=-0.561E+01)
bond charge predicted
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.880899254561E+03    0.44886E+02   -0.73533E+03 11520   0.154E+02    0.260E+01
DAV:   2    -0.106428205453E+04   -0.18338E+03   -0.13172E+03 19840   0.682E+01    0.141E+02
DAV:   3    -0.990670504329E+03    0.73612E+02   -0.12897E+03 18112   0.592E+01    0.808E+01
DAV:   4    -0.101770971717E+04   -0.27039E+02   -0.70394E+02 18368   0.620E+01    0.895E+01
DAV:   5    -0.981086019690E+03    0.36624E+02   -0.34334E+02 19776   0.530E+01    0.934E+01
DAV:   6    -0.949673753056E+03    0.31412E+02   -0.17780E+02 17984   0.269E+01    0.477E+01
DAV:   7    -0.947779320323E+03    0.18944E+01   -0.12012E+02 18240   0.195E+01    0.460E+01
DAV:   8    -0.945350083759E+03    0.24292E+01   -0.85577E+01 18304   0.168E+01    0.394E+01
DAV:   9    -0.943336945301E+03    0.20131E+01   -0.60339E+01 19136   0.143E+01    0.337E+01
DAV:  10    -0.942437203369E+03    0.89974E+00   -0.55404E+01 18304   0.150E+01    0.328E+01
DAV:  11    -0.947645639981E+03   -0.52084E+01   -0.11084E+02 18944   0.193E+01    0.531E+01
DAV:  12    -0.942837986962E+03    0.48077E+01   -0.81785E+01 19840   0.182E+01    0.396E+01
DAV:  13    -0.939518560242E+03    0.33194E+01   -0.36882E+01 18496   0.126E+01    0.262E+01
DAV:  14    -0.938512429557E+03    0.10061E+01   -0.25048E+01 18624   0.900E+00    0.229E+01
DAV:  15    -0.938633990104E+03   -0.12156E+00   -0.22280E+01 19456   0.969E+00    0.215E+01
DAV:  16    -0.938946305230E+03   -0.31232E+00   -0.25537E+01 19008   0.952E+00    0.235E+01

wmg166

waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...

ok   3Q