编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 13:57:30

编写了一个过渡态寻找的脚本，想测试一下，大家有例子可以发来看看。给一下坐标和反应信息。

风清木木 · 发表于 Post on 2024-9-10 09:02:20

mettlyz 发表于 2024-9-9 21:59
xtb2下计算的，8核下花了47分钟
https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/70120ff04bb043c0bfacc186 ...

谢谢大佬，好的，我去研究一下

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-9 21:59:37

风清木木发表于 2024-9-9 16:42
太酷了，支持一下楼主
可以找一个过渡态吗，是一个乙酰化的咪唑类物质加水水解生成乙酸和甲基咪唑的反应

xtb2下计算的，8核下花了47分钟
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 3c0bfacc18635f094d9
纯水下面应该比较困难，需要酸、碱催化的吧
建议登录一下这个平台，自己好好研究一下

风清木木 · 发表于 Post on 2024-9-9 16:42:05

太酷了，支持一下楼主
可以找一个过渡态吗，是一个乙酰化的咪唑类物质加水水解生成乙酸和甲基咪唑的反应

Huschein · 发表于 Post on 2024-9-5 05:56:13

最近我也在做过渡态算法方面的学习，想请问一下楼主，你这个软件主要实现了哪些算法，以及你认为哪些算法是比较robust的

751960653 · 发表于 Post on 2024-9-4 18:04:05

mettlyz 发表于 2024-9-4 16:51
生成CO2+碳负离子，理论上可行吗？

仅比这个化合物少一个碳，即在C19处生成碳负子的过渡态我找到了。
现在这个化合物我不确定，但体系中确实检测到了脱羧对应的产物。现在这个化合物我试过多次，找到过有一个虚频的过渡态，但IRC跑出来两边一样。

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-4 16:51:32

751960653 发表于 2024-9-4 11:17
您好，可以帮忙试下这个脱羧反应的过渡态吗？C31-C34断键，使用b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=water) em ...

生成CO2+碳负离子，理论上可行吗？

751960653 · 发表于 Post on 2024-9-4 11:17:31

本帖最后由 751960653 于 2024-9-18 17:58 编辑

您好，可以帮忙试下这个脱羧反应的过渡态吗？C31-C34断键，使用b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3bj，谢谢

HATRE · 发表于 Post on 2024-9-4 09:42:18

嘤嘤嘤发表于 2024-9-3 22:09
请问为什么会有初始反应物和初始产物呢？

对开始给的反应物和产物的初猜优化了一下，方便查看初猜和最终结果之间结构和能量上的差别

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2024-9-3 22:09:11

mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果：

结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:

请问为什么会有初始反应物和初始产物呢？

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-3 20:52:12

YGFCjnh 发表于 2024-9-3 14:44
老师，可以试一下这个吗，需要C11和N9的键断开，坐标在附件中。

https://alphacat.deepchem.cn/sha ... d85a3baab320e71cbb4
单线态下计算的，B97-3c

高级别的可以注册个账户自己计算，很简单，把反应物或者产物的坐标copy上去，或者自己在线画，指定成断键后提交计算即可。对初始结构几乎没有要求，大致合理就可以了，别两个原子重在一起就可以。自旋也可以不管，写0即可，系统自动帮你比较不同自旋下的能量进行推断，最后把反应路线自动给你描绘出来。

网址：https://alphacat.deepchem.cn

YGFCjnh · 发表于 Post on 2024-9-3 14:44:09

老师，可以试一下这个吗，需要C11和N9的键断开，坐标在附件中。

kimariyb · 发表于 Post on 2024-6-24 14:41:46

HATRE 发表于 2024-6-24 13:37
是个配体替换过程吗？H2加成，吡啶解离

是的老师

HATRE · 发表于 Post on 2024-6-24 13:37:06

kimariyb 发表于 2024-6-22 12:27
老师您好，我在复刻一篇文献中的过渡态时出现了问题，尝试过很多方法都没有找到，能帮我尝试找一下此反应的 ...

是个配体替换过程吗？H2加成，吡啶解离

kimariyb · 发表于 Post on 2024-6-22 12:27:09

老师您好，我在复刻一篇文献中的过渡态时出现了问题，尝试过很多方法都没有找到，能帮我尝试找一下此反应的过渡态吗。该体系是一个 Ir 金属中心的催化反应。自旋多重度为 1、整个体系的电荷为 1。文献中的反应路径在附件中。

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

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