编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-1-30 13:57:30

编写了一个过渡态寻找的脚本，想测试一下，大家有例子可以发来看看。给一下坐标和反应信息。

HATRE · 发表于 Post on 2025-9-18 08:38:52

ffcc 发表于 2025-9-17 09:28
请问没有键断裂生成的反应如何设置呀

什么反应

ffcc · 发表于 Post on 2025-9-17 09:28:17

请问没有键断裂生成的反应如何设置呀

ffcc · 发表于 Post on 2025-9-17 09:22:04

老师，请问什么时候发布脚本呀，太酷了

HATRE · 发表于 Post on 2025-9-17 08:37:16

ionexchangeC 发表于 2025-8-24 17:53
如下双自由基反应

ionexchangeC · 发表于 Post on 2025-8-24 17:53:34

如下双自由基反应

HATRE · 发表于 Post on 2025-2-11 09:54:10

SHGH 发表于 2025-2-10 15:07
可以试一下这个反应吗，C40-H86断键，Ni1-H86成键。

SHGH · 发表于 Post on 2025-2-10 15:07:41

可以试一下这个反应吗，C40-H86断键，Ni1-H86成键。

HATRE · 发表于 Post on 2025-1-7 15:55:14

YUANBAO 发表于 2025-1-7 09:33
您好，能不能尝试算一下这个反应，断键:13 24；成键 :7 13，反应物xyz坐标放在附件中了

YUANBAO · 发表于 Post on 2025-1-7 09:33:35

您好，能不能尝试算一下这个反应，断键:13 24；成键 :7 13，反应物xyz坐标放在附件中了

风清木木 · 发表于 Post on 2024-9-10 09:02:20

mettlyz 发表于 2024-9-9 21:59
xtb2下计算的，8核下花了47分钟
https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/70120ff04bb043c0bfacc186 ...

谢谢大佬，好的，我去研究一下

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-9 21:59:37

风清木木发表于 2024-9-9 16:42
太酷了，支持一下楼主
可以找一个过渡态吗，是一个乙酰化的咪唑类物质加水水解生成乙酸和甲基咪唑的反应

xtb2下计算的，8核下花了47分钟
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 3c0bfacc18635f094d9
纯水下面应该比较困难，需要酸、碱催化的吧
建议登录一下这个平台，自己好好研究一下

风清木木 · 发表于 Post on 2024-9-9 16:42:05

太酷了，支持一下楼主
可以找一个过渡态吗，是一个乙酰化的咪唑类物质加水水解生成乙酸和甲基咪唑的反应

Huschein · 发表于 Post on 2024-9-5 05:56:13

最近我也在做过渡态算法方面的学习，想请问一下楼主，你这个软件主要实现了哪些算法，以及你认为哪些算法是比较robust的

751960653 · 发表于 Post on 2024-9-4 18:04:05

mettlyz 发表于 2024-9-4 16:51
生成CO2+碳负离子，理论上可行吗？

仅比这个化合物少一个碳，即在C19处生成碳负子的过渡态我找到了。
现在这个化合物我不确定，但体系中确实检测到了脱羧对应的产物。现在这个化合物我试过多次，找到过有一个虚频的过渡态，但IRC跑出来两边一样。

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-4 16:51:32

751960653 发表于 2024-9-4 11:17
您好，可以帮忙试下这个脱羧反应的过渡态吗？C31-C34断键，使用b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=water) em ...

生成CO2+碳负离子，理论上可行吗？

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子