求助氢键的成立条件

vandenberg · 发表于 Post on 2023-1-31 08:45:01

在分析对接结果的时候，看到有些O原子和氢原子之间距离已经达到要求了，但是软件并没有给出形成氢键的判定，例如附图中的氧原子和氢原子。不知道还有什么条件？

请老师们指教。

Yuyong · 发表于 Post on 2023-2-2 15:06:30

氢键如果合理，较弱的可以达到3.8，如果用olex2解析单晶，氢键是可以进行限定的，软件自带的氢键判定是也是由参数限制的，好像是3.5埃

agent99 · 发表于 Post on 2023-2-2 02:23:27

碳上的氢通常不会被判定形成氢键吧

vandenberg · 发表于 Post on 2023-1-31 16:39:57

谢谢卢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-31 14:38:02

通常是根据X..H-Y的X...Y距离以及X-H-Y键角判断，而不是根据X..H的距离判断

我的培训班ppt里展示的这个是常用的氢键几何判据

vandenberg · 发表于 Post on 2023-1-31 09:17:49

距离在范围内的，不到2.8A，是有角度有要求吗？但是看这也不是非常奇怪的角度

yjb · 发表于 Post on 2023-1-31 09:07:29

可能是不同软件对于氢键的距离设定不同。

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[分子对接] 求助氢键的成立条件