团簇模型和周期性模型各自的优缺点在哪？

yunfeng

请问在进行分子模拟时，团簇模型和周期性模型各自的优缺点在哪（着重一下周期性的优点），感谢各位了！

liu_tiao

一直走 发表于 2016-6-8 15:34
请问有没有关于团簇模型计算的文献或其它资源，想学习一下团簇模型的建立及注意事项~

很多关于团簇模型的文献，你自己去检索一下

一直走

liu_tiao 发表于 2016-6-8 10:09
团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因 ...

请问有没有关于团簇模型计算的文献或其它资源，想学习一下团簇模型的建立及注意事项~

卡开发发

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:15
非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲 相同的分子数，哪个计算要更准确呢   ，如果说周期性更适用于固 ...

如“晶粒”（或者是“晶面”）显然尺寸上远大于一个气态分子，内部是长程有序的，这样的情况周期性的晶格模型（或者片层模型）会是更好的近似。无序的凝聚相体系使用周期性就没辙了，实际上很多短程有序性比较差的体系单胞原子数很多，计算实现可能就要困难得多，只好采用团簇做近似。

sobereva

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:09
谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP   请问团簇模型计算是否繁杂但精度 ...

VASP本来就是适合做周期性计算的，你就按周期性体系来算就行了。通常是用量化程序来算本来是周期性的体系才会用团簇模型。

liu_tiao

yunfeng 发表于 2016-6-8 10:15
非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲 相同的分子数，哪个计算要更准确呢   ，如果说周期性更适用于固 ...

没有本质的区别。都可以。

yunfeng

liu_tiao 发表于 2016-6-8 10:09
团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因 ...

非常感谢您的回答，请问关于MoS2晶体来讲 相同的分子数，哪个计算要更准确呢   ，如果说周期性更适用于固体 ，贴近实际 ，但是为何国内和国外关于MoS2的计算大多选用团簇模型呢     本人初学   还请您指教

yunfeng

zyj19831206 发表于 2016-6-8 09:31
这个应该是尺度的问题吧，我觉得可以从QM/MM的角度去分开讨论，团簇只能解决小范围的问题，比如说量子化学 ...

谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP   请问团簇模型计算是否繁杂但精度较高  而周期性模型计算简单 但精度低呢   然后周期性还有什么优点     因为是本科论文  电子结构计算涉及的少   

yunfeng

sobereva 发表于 2016-6-8 10:02
得先明确用什么程序、用什么方法、算什么问题
比如你要用量化程序，而绝大多数量化程序只适合或只能算孤立 ...

谢谢您的回答，基于DFT，含硫分子在MoS2的吸附计算，软件是MedeA-VSAP   请问团簇模型计算是否繁杂但精度较高  而周期性模型计算简单 但精度低呢   然后周期性还有什么优点

liu_tiao

团簇，就是从真实结构中取出一个簇来进行计算，这里涉及到从哪里断键的问题，即团簇边界效应问题，可能是因为边界效应不好处理，导致团簇应用逐渐减少。团簇模型的关键点是：断键的位置和团簇的大小。周期性模型，基于平移对称性，采用周期性边界来处理固体，与实际情况更加符合。团簇和周期性模型应用均很多。总的来说，团簇一般原子数少一些，而周期性模型则多一些。如果你的计算资源比较少，可以选择团簇；计算资源多一点，可以选择周期性模型。

sobereva

得先明确用什么程序、用什么方法、算什么问题
比如你要用量化程序，而绝大多数量化程序只适合或只能算孤立体系，这时候你不得不用团簇模型。

zyj19831206

这个应该是尺度的问题吧，我觉得可以从QM/MM的角度去分开讨论，团簇只能解决小范围的问题，比如说量子化学计算出来的HOMO和LUMO,电荷以及键级等，而周期性模型可以计算出能带和态密度等晶体中特有性质，虽然团簇也能计算出DOS,但是能带是不可以的。