openmolcas在集群上安装编译失败

火车头

在计算集群上按本帖（离线安装OpenMolcas-v22.06.md · main · Jingxiang Zou / qc_install_tutorials · GitLab）安装openmolcas编译不成功。不知问题出在哪儿，还请大神指教。
PS：安装了cmake3.26，Intel oneapi 最新版，Anaconda Python3

chenxl13

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

按照教程网上下载的安装包是2024年的oneAPI，配置好环境变量后运行，显示没有icc和icpc，ifort和mpirun是有的。

zjxitcc

scf 发表于 2023-2-8 07:22
一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致 ...

根据我的个人经验，在控制积分精度和各种精度参数前提下，使用TZ级别的基组，气相电子能量能对到1e-6或1e-7,；如果加了弥散函数，只能到1e-5或1e-6。当然，体系小、基组小的时候，对到1e-8或1e-9没问题。

火车头

zjxitcc 发表于 2023-2-8 00:34
没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文 ...

好的，感谢！

scf

一般量子化学程序的绝对能量能在多大程度上一致?我曾经比较过不同的程序和自己写的,一般在10^-11上可以一致, 再往下一般做不到 https://en.wikipedia.org/wiki/Do ... oating-point_format 双精度原则上可以到10^-16?

zjxitcc

火车头 发表于 2023-2-7 22:51
我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

没啥问题。我自己的习惯是，安装完一款程序，算个例子，让它与其他程序结果能完全对应上。比如写个gjf文件

1. %mem=4GB
   
2. %nprocshared=2
   
3. #p CASSCF/cc-pVDZ
   
4. 
   
5. mokit{CASSCF_prog=OpenMolcas}
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. O      -0.23497692    0.90193619   -0.068688
   
9. H       1.26502308    0.90193619   -0.068688
   
10. H      -0.73568721    2.31589843   -0.068688
    

复制代码

用MOKIT的automr运行一下

1. automr h2o.gjf >h2o.out 2>&1

复制代码

结果
E(CASCI)  =       -75.90802165 a.u.
E(CASSCF) =       -75.90823031 a.u.

再把关键词CASSCF_prog=OpenMolcas删掉，默认调用PySCF进行CASSCF计算，结果
E(CASCI)  =       -75.90802167 a.u.
E(CASSCF) =       -75.90823032 a.u.

对得很好，说明安装的程序大概率没问题。期间自动产生的OpenMolcas输入文件和轨道文件见下，你从这两个文件直接出发，也能算出一样的结果
h2o.input (2.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2023-2-8 00:34 上传 Uploaded

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， h2o.INPORB (13.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2023-2-8 00:34 上传 Uploaded

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火车头

我测试了测试集所有任务，发现有两个失败，输出文件见附件。不知有没有影响？

火车头

zjxitcc 发表于 2023-2-7 18:10
运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有if ...

我运行了，确实可能没有安装ifort。我按《Linux下安装Intel oneAPI》重新安装了oneAPI，又折腾几个问题，终于成功安装完成测试了！感谢大佬一直指点！

zjxitcc

火车头 发表于 2023-2-7 17:37
我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

运行which ifort查看是否有Intel Fortran编译器。如果没有，可能你没安装。Base Toolkit包里我记得没有ifort。可以参考我写的《Linux下安装Intel oneAPI》

火车头

zjxitcc 发表于 2023-2-7 12:27
不要source，试试退出重登。如果写了Intel OneAPI环境变量，登录时会显示类似这样
一看便知。Intel OneA ...

我把环境变量设置好了，echo $MKLROOT也能出现正确的版本重新安装步骤，在cmake步骤又出现问题了

zjxitcc

火车头 发表于 2023-2-7 08:35
我按Intel官网的方式安装了Intel OneAPI（没有设置环境变量的步骤），但是之前机器里安装了2015版，我把/ ...

不要source，试试退出重登。如果写了Intel OneAPI环境变量，登录时会显示类似这样

1. :: initializing oneAPI environment ...
   
2.    -bash: BASH_VERSION = 4.2.46(2)-release
   
3. :: clck -- latest
   
4. :: compiler -- latest
   
5. :: debugger -- latest
   
6. :: dev-utilities -- latest
   
7. :: inspector -- latest
   
8. :: itac -- latest
   
9. :: mkl -- latest
   
10. :: mpi -- latest
    
11. :: tbb -- latest
    
12. :: oneAPI environment initialized ::

复制代码

一看便知。Intel OneAPI的环境变量一般是这么写的

1. . /opt/intel/oneapi/setvars.sh

复制代码

注意点号后有个空格。

火车头

zjxitcc 发表于 2023-2-6 21:28
截图显示intel编译器和MKL库都用的是2015，并非你一开始所说Intel OneAPI，可能你的报错是因为你的编译器 ...

我按Intel官网的方式安装了Intel OneAPI（没有设置环境变量的步骤），但是之前机器里安装了2015版，我把/etc/profile里的老版本环境变量注释掉，source后echo $MKLROOT显示还是2015版的库，不知道该要怎么操作呢？

zjxitcc

火车头 发表于 2023-2-6 20:16
这样的，似乎，还是用的之前老版本的intel？

截图显示intel编译器和MKL库都用的是2015，并非你一开始所说Intel OneAPI，可能你的报错是因为你的编译器太旧了

火车头

zjxitcc 发表于 2023-2-6 20:12
运行echo $MKLROOT有显示MKL库路径么？cmake那一步屏幕上有没有显示自动搜索到了MKL库路径？

这样的，似乎，还是用的之前老版本的intel？

zjxitcc

火车头 发表于 2023-2-6 19:47
找到一处错误，我查了一下，说是可能是编译用的核数太多，我改为 make -j2试了试也不行

运行echo $MKLROOT有显示MKL库路径么？cmake那一步屏幕上有没有显示自动搜索到了MKL库路径？