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[GROMACS] 求助:金属纳米颗粒体系模拟压浴报错

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小林

本帖最后由 nku_linz 于 2023-2-11 16:02 编辑

gromacs模拟水中的铂纳米粒,首先在COD获得铂晶体.cif文件,参考sob老师的方法《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》(http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html)扩展为超胞,并在VMD中切割成纳米粒。参照J. Phys Chem. C, 2008, 112(44), 17281文献换算得到铂的参数(AMBER),并填入力场文件。 真空中模拟纳米粒能维持住,在水中模拟前进行能量最小化,md采用Berendsen压浴,程序一直提示 Warning: pressure scaling more than 1%。








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发表于 Post on 2023-2-12 04:49:50 | 只看该作者 Only view this author
nku_linz 发表于 2023-2-11 20:55
明白了,谢谢社长! 对于我这种体系改用NVT系综是不是影响也不大? 后期想往盒子里添加有机小分子探究纳 ...

你没法保证初始盒子尺寸对应的密度正好是合理的,显然应当用压浴
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-11 20:55:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-11 20:21
初始的密度偏离平衡值较大且压浴的时间常数不是很大时,模拟初期盒子尺寸变化会较快,会出现那个提示。只要 ...

明白了,谢谢社长! 对于我这种体系改用NVT系综是不是影响也不大? 后期想往盒子里添加有机小分子探究纳米粒表面吸附问题
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发表于 Post on 2023-2-11 20:21:46 | 只看该作者 Only view this author
初始的密度偏离平衡值较大且压浴的时间常数不是很大时,模拟初期盒子尺寸变化会较快,会出现那个提示。只要模拟正常进行就不用管,最后达到接近平衡时自然就不再提示了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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