求助IRC横坐标质量权重坐标mass-weighted coordinates如何计算得到

liurui

Original X0 Y0 Z0 is as follows:
O                  1.20343100    1.30607900    0.00833300
O                 -1.21511700    1.24204400   -0.02704000
O                 -1.95089800   -1.22184500    0.00615000
O                  1.91598000   -1.25136200    0.03130500
H                 -0.08762100    1.29622200   -0.02556400
H                  1.64046500    1.88221900   -0.63702500
H                 -1.53414700    0.27408800   -0.03448400
H                 -1.59329300    1.69512400    0.74534600
H                  2.38504100   -1.54071800    0.82842900
H                 -1.30706000   -1.94327300    0.04953500
H                  1.59616600    0.38981500   -0.04370300
H                  2.36437800   -1.68795900   -0.70808600
H                 -2.72430500   -1.55448800   -0.47198800
The last X Y Z is as follows:
O                  1.18427700    1.19135800   -0.10932000
O                 -1.20616000    1.17407100    0.11612200
O                 -2.31061600   -1.16967000   -0.10920400
O                  2.33275000   -1.13370100    0.10267000
H                 -0.01225500    1.15167500    0.00192900
H                  1.48597100    1.69400100   -0.88221400
H                 -1.66233200    0.27473600    0.08243700
H                 -1.51092900    1.66503700    0.89525700
H                  3.03110800   -1.25409000    0.76202100
H                 -2.51819100   -1.77541000    0.61631300
H                  1.65623400    0.30021100   -0.08005000
H                  2.52526700   -1.74629400   -0.62096300
H                 -2.99886900   -1.29477800   -0.77896900
Each atomic masses are as follows:
Atom     1 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom     2 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom     3 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom     4 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom     5 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom     6 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom     7 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom     8 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom     9 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom    10 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom    11 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom    12 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom    13 has atomic number  1 and mass   1.00783
mass-weighted coordinate should be 10.44145.
But how to obtain this value?
First,

Second,

Then,

Last,

But, this value is not correct.Waiting for your help.

yuan12

liurui 发表于 2023-3-3 18:21
看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

你好 请问这个问题解决了吗

liurui

Melvin 发表于 2023-3-3 12:40
一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.htm ...

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

liurui

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

liurui

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

看了您提供的文献，似乎需要转置矩阵，还是不会算，想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

liurui

wuyulele 发表于 2023-2-20 22:09
借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？

想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

liurui

王二葛 发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

想问有没有啥程序可以根据坐标直接得到质量权重坐标呐

liurui

Melvin 发表于 2023-3-3 12:40
一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.htm ...

是哇是哇

liurui

dantevinsky 发表于 2023-3-3 11:45
建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

收到，谢谢老师

liurui

wuyulele 发表于 2023-2-20 22:09
借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？

还没俺成功orca,等其他老师来回

liurui

王二葛 发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

收到，谢谢老师

Melvin

一个相关的问题，之前我也算完IRC没搞明白质权坐标怎么换算，http://bbs.keinsci.com/thread-15201-1-1.html ，http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html ，都提到了Cartesian关键词，是不是可以理解为使用Cartesian关键字可以方便的使计算的坐标单位为Bohr？

dantevinsky

建议看Truhlar的《GENERALIZED TRANSITION STATE THEORY》，介绍的很详细

liurui

王二葛 发表于 2023-2-17 16:35
这里我也没搞明白，刚才去问了下 ChatGPT，总结起来如下

1. 所有的坐标都以质量加权，因此 IRC 的单位有 ...

刚刚查到网上有一页ppt讲了质量加权坐标的计算，
q=(ni*r)的二分之一次幂，i=1,2,3....N ,a=x,y,z
n是几号原子吗？
然后x,y,z咋算呐，懵圈了

wuyulele

借楼问一下，ORCA的IRC计算，如何得到反应坐标？