氧化铝表面能量最小化报错no domain decomposition for 1 ranks，log显示可能成键问题

chieko

Sob老师和各位老师好，我在做氧化铝表面能量最小化时遇到报错：Fatal error: There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 4.23552 nm。
详细过程及输入文件如下，麻烦各位老师看看是什么原因。
1、用MS建立Al2O3的羟基化表面模型，导出pdb文件，利用Sobtop生成itp，top和gro文件。使用CLAYFF力场。
2、做em，mdrun时报错。mdp文件如下。

1. gmx grompp -f em.mdp -c 2_2020.gro -p 2_2020.top -o em.tpr -maxwarn 1

复制代码

在生成.tpr文件时，gmx给出警告：体系含有净电荷。我用-maxwarn 1 将其忽略了。

1. gmx mdrun -v -deffnm em

复制代码

在这一步出现报错：

Fatal error:
There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 4.23552 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

加上 -ntmpi 1 后仍是以上报错（毕竟ranks是1，也不能再小了）。查看log，注意到其中一段：

When checking whether update groups are usable:
  No constraints or virtual sites are in use, so it is best not to use update groups

Initializing Domain Decomposition on 1 ranks
NOTE: disabling dynamic load balancing as it is only supported with dynamics, not with integrator 'cg'.
Dynamic load balancing: off
Minimum cell size due to atom displacement: 0.050 nm
Initial maximum distances in bonded interactions:
two-body bonded interactions: 3.850 nm, Exclusion, atoms 891 893
  multi-body bonded interactions: 3.850 nm, Angle, atoms 891 893
Minimum cell size due to bonded interactions: 4.236 nm
Using 0 separate PME ranks because: there are too few total ranks for efficient splitting
Optimizing the DD grid for 1 cells with a minimum initial size of 4.236 nm
The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 0

-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2022.3
Source file: src/gromacs/domdec/domdec.cpp (line 2239)

Fatal error:
There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 4.23552 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

猜测原因出在红字显示的部分，891、893原子之间，或者分别的成键出现了什么问题。
但是返回去查看itp文件，这两个原子都是氧化铝体相的Al原子，成键（与6个O原子成键）也没有问题。itp文件（4.4MB）不知道为什么上传不了；

1. 891     Al_bulk    1      MOL     AL          891    1.57500000   26.981539
   
2. 893     Al_bulk    1      MOL     AL          893    1.57500000   26.981539

复制代码

bonds字段我也检查了，看起来都是正常的。
MS里对照坐标找到这两个Al原子，如下图黄色高亮显示，看起来好像也没有什么明显的问题：

所以出现错误可能是什么原因呢？谢谢Sob老师和各位前辈！

哇酷哇酷

您好，想问下你怎么用sobtop生成的氧化铝带原子电荷的itp

chenzikang715

请问您解决了吗

chieko

sobereva 发表于 2023-2-21 03:07
用-nt 1再试
你没提供itp文件，别人没法判断。公社论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴都明确写明了较大文本 ...

谢谢Sob老师！
1、附件已经上传，内含结构、拓扑、mdp和log文件。
2、用-nt 1 仍然报错，显示相同的提示信息。
3、DispCorr已经修改，盒子上下有真空层，确实应该用no而不是EnerPres。
4、关于净电荷：我要做的体系是氧化铝在水溶液中的表面，现在先是建立了羟基化的氧化铝表面，模型中还没有填充水和离子。
     今早我通过在表面增加H的方式尽量平衡了体系的电荷（System has non-zero total charge：0.101616），也修改了mdp文件，但是mdrun还是显示同样的报错：

Reading file em.tpr, VERSION 2022.3 (single precision)
There were 236 inconsistent shifts. Check your topology
There were 236 inconsistent shifts. Check your topology
-------------------------------------------------------
Fatal error:
There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given
box and a minimum cell size of 3.3299 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition

     log中提示和之前的提问中描述类似：

Initializing Domain Decomposition on 1 ranks
NOTE: disabling dynamic load balancing as it is only supported with dynamics, not with integrator 'cg'.
Dynamic load balancing: off
Minimum cell size due to atom displacement: 0.040 nm
Initial maximum distances in bonded interactions:
    two-body bonded interactions: 3.027 nm, Exclusion, atoms 608 610
  multi-body bonded interactions: 3.027 nm, Angle, atoms 608 610
Minimum cell size due to bonded interactions: 3.330 nm
Using 0 separate PME ranks because: there are too few total ranks for efficient splitting
Optimizing the DD grid for 1 cells with a minimum initial size of 3.330 nm
The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1

检查后，atom 608 和 610 也都是体相Al原子，成键什么的也没看出来有什么问题。
请问Sob老师，这可能是什么原因呢？谢谢！

sobereva

用-nt 1再试
你没提供itp文件，别人没法判断。公社论坛首页公告栏、置顶的社员必读贴都明确写明了较大文本型文件必须先压缩再上传
这种体系不应该用EnerPres
“体系含有净电荷” 不说具体是什么体系、净电荷是多少，显然不能简单忽略