请问来源AlhpaFold2预测的蛋白质结构用于跑MD模拟是否会受到审稿人质疑？

DuMilk

原本来自PDB数据库的蛋白结构，解析度2.20 Å，但其中存在MISSING RESIDUES，位于蛋白当中的loop环区域。

虽然可以使用pdbfixer等软件修复，但是是否不如直接使用来自AlhpaFold2预测的PDB结构去跑分子动力学模拟，这样使用的话会不会受到审稿人的质疑？


非常感谢各位老师！

DuMilk

sun877469558 发表于 2023-2-28 18:31
缺少loop，如果不是重要区域就用晶体结构，如果是非常重要 loop起到作用的话，那就尝试Rosetta修复loop，如 ...

谢谢老师，应该不是非常重要的区域，也就是说现在还是看重实验解析出的晶体结构。

sun877469558

缺少loop，如果不是重要区域就用晶体结构，如果是非常重要 loop起到作用的话，那就尝试Rosetta修复loop，如果缺失很大，那就Af2建模吧，动力学跑起来再去分析

whitemouse

借个楼请教一下，请问有没有推荐的发表较多蛋白质建模相关的期刊呢？

DuMilk

八月的雨季 发表于 2023-2-28 16:03
与实验结构对比，AlhpaFold等预测的蛋白结构对残基侧链构象的重现性很差。你明明有高分辨的实验结构，就缺l ...

好的好的

八月的雨季

与实验结构对比，AlhpaFold等预测的蛋白结构对残基侧链构象的重现性很差。你明明有高分辨的实验结构，就缺loop而已，非要拿预测结构做？？？我是审稿人的话，要么让你证明预测结构和实验结构吻合度很好很好，要么让你重跑。