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[GROMACS] 求助:多相体系做动力学模拟输入文件如何选取

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楼主
参考卢老师Gromacs课程所讲,乙醚在水与甲醇中的分离一例:用“mix.gro”作为输入文件,但我要做的吸附实验是固/液相跨物态的过程,如活性炭吸附水中混合离子,该如何选取输入文件。望老师们指点迷津。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-12 13:51:34 | 只看该作者 Only view this author
噢,原来如此,这下明白了,感谢sob老师解答

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发表于 Post on 2023-3-11 23:14:18 | 只看该作者 Only view this author
1015866003 发表于 2023-3-11 13:53
老师,我在此例中活性炭用sobtop产生的top文件里面atom项原子电荷全是0,由于原子数量太多(520个C),没 ...

都当成0就完了
虽然体系不是对称的,但毕竟都是碳,原子电荷也不至于偏离0到哪去。如果非要算的话,可以用CP2K对活性炭界面体系算REPEAT原子电荷,500多个原子算起来没难度。但模拟过程中活性炭的表面结构不能再有明显变化,要不然原子电荷又不适合了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-11 13:53:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-2 06:24
mdp自己手写,各个选项怎么用我在课上都详细讲了
如果是指建模,活性炭我不清楚,搜文献;加水和离子照常 ...

老师,我在此例中活性炭用sobtop产生的top文件里面atom项原子电荷全是0,由于原子数量太多(520个C),没法做DFT优化,所以就没法用Multiwfn拟合RESP静电势,想请教一下老师如何得到活性炭的原子电荷信息

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发表于 Post on 2023-3-2 06:24:21 | 只看该作者 Only view this author
mdp自己手写,各个选项怎么用我在课上都详细讲了
如果是指建模,活性炭我不清楚,搜文献;加水和离子照常用gmx solvate和gmx genion
活性炭的拓扑文件借助sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生
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