计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1750|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助 小分子用GAFF,磷脂双分子层用什么力场比较好

[复制链接 Copy URL]

74

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1198

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 tsgyls 于 2023-3-10 22:27 编辑

想在gromacs模拟金属配合物在POPC磷脂双分子层中的运动,请问如果金属配合物用GAFF,那磷脂是用Lipid力场比较好吗(把下载的lipid文件夹放到gromacs/top里就可以用了吗)
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

74

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1198

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 09:44:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-17 02:55
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
里面搜 闪退

谢谢社长
是我操作不够熟练。把iESPcode改成1,就能正常运行了
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124691

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-3-17 02:55:17 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-3-16 13:35
谢谢老师
是一个有四个锌离子配位的金属配位四面体笼,M4L6的形式,所以比较大。我试了一下老师您说的IO ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
里面搜 闪退

光是简单地说成闪退没法提供帮助
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

74

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1198

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 13:35:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tsgyls 于 2023-3-16 22:27 编辑
sobereva 发表于 2023-3-16 00:31
一般配体没那么大的,怀疑你在以明显错误的方式计算
没细节没法说
900原子通常算不动

谢谢老师
是一个有四个锌离子配位的金属配位四面体笼,M4L6的形式,所以比较大。我试了一下老师您说的IOp(6/33=2,6/42=6) pop=MK,还是会闪退。我再找找其他办法
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124691

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-3-16 00:31:15 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2023-3-15 22:36
老师,后续的时候,我发现我的配体(900个原子)用Multiwfn算resp的时候直接闪退了,是不是分子太大的原 ...

一般配体没那么大的,怀疑你在以明显错误的方式计算
没细节没法说
900原子通常算不动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

74

帖子

0

威望

1124

eV
积分
1198

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 22:36:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-11 22:22
可以用Lipid,但不是唯一选择,也可以用Slipid等其它兼容AMBER/GAFF的力场

老师,后续的时候,我发现我的配体(900个原子)用Multiwfn算resp的时候直接闪退了,是不是分子太大的原因
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124691

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-3-11 22:22:35 | 只看该作者 Only view this author
可以用Lipid,但不是唯一选择,也可以用Slipid等其它兼容AMBER/GAFF的力场
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 02:21 , Processed in 0.167352 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list