MOKIT编译与运行问题

枫沨

我在macos上编译了MOKIT的源码，使用gfortran和openblas。完成后bas_fch2py程序可以正常使用，生成了对应的pyscf的提交脚本。不过当运行这个脚本的时候（应该是fch2py函数）总是提示我“找不到fch文件”。我把fchk文件改成fch后缀后也是提示文件不存在。同样的使用load_mol_from_fch函数直接从gaussian导入pyscf也提示文件不存在，以下是报错信息：
/Py_jobs/mokit/test.py"
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/mokit/test.py", line 4, in <module>
    mol = load_mol_from_fch(fchname='HCHO.fchk')
  File "/Users/MOKIT/mokit/lib/gaussian.py", line 24, in load_mol_from_fch
    shutil.copyfile(fchname, tmp_fch)
  File "/opt/homebrew/Caskroom/miniforge/base/envs/py39/lib/python3.9/shutil.py", line 264, in copyfile
    with open(src, 'rb') as fsrc:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'HCHO_PBE_N.fchk'


我进行编译方式是使用源码中的Makefile.gnu_openblas例子，做了以下修改：
BIN = ../bin
LIB = ../mokit/lib
# --- gfortran + OpenBLAS ---
F90    = gfortran
FFLAGS = -O2 -cpp -fPIC
MKL_FLAGS = -L/opt/openblas/lib -lopenblas
F2PY   = f2py
F2_FLAGS =
F2_F90_FLAGS = --f90flags="-cpp"
include Makefile.main


请问是我编译过程中出现了什么问题吗，谢谢解答！

zjxitcc

枫沨 发表于 2023-3-14 21:23
您好，我重新检查了一下python给出的报错。没错，我自己编译的这个mokit是没有问题，不过在调用load_mol_ ...

已经移除对GNU sed的依赖，欢迎下载、安装最新版MOKIT使用。

枫沨

鬼隐 发表于 2023-3-14 00:23
你好，本人使用m1 air。
mokit安装方式为使用ansatzx/homebrew-mokit仓库的tap安装，其实质内容和你的编 ...

您好，我重新检查了一下python给出的报错。没错，我自己编译的这个mokit是没有问题，不过在调用load_mol_from_fch函数的时候会用到 os.system 中里的系统函数 sed，这个sed在我macos上的版本似乎跟linux上的不一样，我下载了gnu-sed 并替换原来版本的 sed 以 gsed 后，当我再运行python test.py 的时候程序可以丝滑运行。
所以我想能否提一个小意见，就是最好替换一些system.os的操作，这样程序的移植性能够更好。
还有，我发现mokit好像不太能在Jupyter 里使用，在Jupyter里运行load_mol_from_fch的时候会提示：
sh: bas_fch2py: command not found
的问题，应该可以通过设置一些环境变量来解决。不过现在我的mokit终于可以正常用python唤醒了（能用就行哈哈哈），谢谢！

鬼隐

你好，本人使用m1 air。
mokit安装方式为使用ansatzx/homebrew-mokit仓库的tap安装，其实质内容和你的编译也没有什么区别。
我用gview搭了一个甲烷，


过程如图。没有出现什么问题。
检查一下你的文件名有没有在shell中输错。
如果实在找不到问题，可以使用我的tap安装测试一下。

目前看来您的安装方式应该没有问题，并且mokit也没有问题。