计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2576|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 求助VASP晶体切面结构优化结构报错

[复制链接 Copy URL]

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

在对金属氧化物CoAl2O4切面后进行结构优化,出现了报错 VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT: Reciprocal lattice and k-lattice belong to different class of lattices. Often results are still useful...      96
之后在网上查询,可能是体系对称性不好,分别尝试了在INCAR中添加了SYMPREC=1E-8关掉对称性ISYM=0,但依然出现同样的报错,求老师指教。(PS:虽然报错,但是仍然可以计算,这样算出来的结果可信么?)
附上INCAR文件和POSCAR文件



202303222159237428..png (147.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

INCAR

INCAR

微信图片_20230322220524.png (41.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

POSCAR部分信息

POSCAR部分信息

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 20:05:28 | 只看该作者 Only view this author
k-points分别尝试了1*2*1,2*3*1,2*4*2,都会出现报错。经过多次尝试,发现当把k-points设置为2*2*2时不再报错,这是为何?这样的结果可靠么?(模型是非正交体系,其中a的长度几乎是b的两倍,怎么会k值取一样呢)

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-29 22:00:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我这个问题还是没有解决,我计算了很久,离子步一点收敛迹象都没有(下图1所示),然后我怀疑是自己的k-points设置的不对,又安装了vaspkit,发现vaspkit生成的k-points和我设置的一样,精度取0.04时vaspkit生成的k-points是1*2*1,当精度取0.03时vaspkit生成的k-points是2*3*1,我都进行了尝试,但还是会出现VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT: Reciprocal lattice and k-lattice belong to different class of lattices. Often results are still useful...      96。卡开发发老师说是因为“三个轴向的k-spacing差异过大”,请问这个该如何解决,搜了半天还是一头雾水。菜鸟求助

202303292159391118..png (74.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202303292159391118..png

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 10:28:51 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2023-3-26 22:32
如果只是表面薄层的话,可以看成个面,不过未必能和单质Co的有所对应,有可能会重构。如果是团簇就只好直 ...

好的,谢谢老师指点

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

14#
发表于 Post on 2023-3-26 22:32:29 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-24 20:31
学到了,谢谢老师。还想请教两个问题,我先对CoO切面扩胞,超胞优化之后想在其表面添加少量Co(

如果只是表面薄层的话,可以看成个面,不过未必能和单质Co的有所对应,有可能会重构。如果是团簇就只好直接贴。实际上得看你实验测下来的情况,这个没办法臆断。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-25 10:07:52 | 只看该作者 Only view this author
Deepast 发表于 2023-3-24 23:47
如果是固体表面一个个Co原子分开吸附的话,常见做法是研究不同吸附位点和覆盖度
如果是金属簇的话,通常是 ...

嗯嗯好的,谢谢老师

88

帖子

0

威望

1346

eV
积分
1434

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2023-3-24 23:47:02 | 只看该作者 Only view this author
如果是固体表面一个个Co原子分开吸附的话,常见做法是研究不同吸附位点和覆盖度
如果是金属簇的话,通常是先找一个簇的构象吸附在表面(可以是文献中稳定的构型,可以是自己构象搜索的,实在不行就从Co晶体截一部分下来)。放上去后做一个AIMD,从结果中找比较稳定的构象进行后续研究。

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-24 20:31:02 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2023-3-24 11:47
先说k-spacing的问题,k-spacing选取和这个没有直接关系,就是保证总能和力可靠即可,吸附能比这个收敛实 ...

学到了,谢谢老师。还想请教两个问题,我先对CoO切面扩胞,超胞优化之后想在其表面添加少量Co(<10原子,不会完全覆盖CoO表面),以此构建一个金属氧化物表面负载单质的模型,请问在这个模型中Co可以设定为特定晶面么?还是说只能手动添加这些Co原子,没办法构建晶面。
如果上述的特定晶面无法构建或者无需构建,那么我在原有的CoO表面添加几个Co原子形成的团簇,作为Co/CoO催化剂模型,来计算其催化过程,请问这样合理么。
刚开始接触VASP,问题有点多,感谢老师的解答

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

10#
发表于 Post on 2023-3-24 11:47:36 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2023-3-24 11:03
不同晶面的面积大小一般不同,可能导致吸附一个分子后导致其覆盖度不同,这样对比吸附能可行吗?

先说k-spacing的问题,k-spacing选取和这个没有直接关系,就是保证总能和力可靠即可,吸附能比这个收敛实际会更快。这样的情况下,覆盖度θ→0的情况下吸附能肯定是可以比较的。

如果要比较不同覆盖度的情况,那得看要讨论的问题是什么,如果关注单位面积上的吸附能,那就折合到单位面积,如果关注的是1mol分子的情况则折合到1mol分子,得看具体讨论的问题。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

88

帖子

0

威望

1346

eV
积分
1434

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2023-3-24 11:22:47 | 只看该作者 Only view this author
k点建议取样密度相同(当然,如果绝对能量收敛了差别也不大),直接用vaspkit生成kpoints就行
吸附能的话,比较相同覆盖度就可以了

689

帖子

2

威望

4106

eV
积分
4835

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2023-3-24 11:03:43 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2023-3-24 10:29
不需要,k值都测到收敛就行了,不同体系k收敛快慢不一定一样。
上面的错误来源是三个轴向的k-spacing差 ...

不同晶面的面积大小一般不同,可能导致吸附一个分子后导致其覆盖度不同,这样对比吸附能可行吗?

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

7#
发表于 Post on 2023-3-24 10:29:38 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-23 16:21
老师,再问一个问题,我想对比Co不同晶面对小分子的吸附能力,切出来的两个晶面的晶胞大小不完全一样,比 ...

不需要,k值都测到收敛就行了,不同体系k收敛快慢不一定一样。
上面的错误来源是三个轴向的k-spacing差异过大,程序才出这个警告。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-24 10:14:06 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2023-3-24 08:45
这个确实不好直接对比,比如面积不同可能覆盖度都有差异,你可以找找金属的不同表面(如111,100等)吸附 ...

好的,谢谢老师

689

帖子

2

威望

4106

eV
积分
4835

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2023-3-24 08:45:12 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-23 16:21
老师,再问一个问题,我想对比Co不同晶面对小分子的吸附能力,切出来的两个晶面的晶胞大小不完全一样,比 ...

这个确实不好直接对比,比如面积不同可能覆盖度都有差异,你可以找找金属的不同表面(如111,100等)吸附分子的计算文章看看他们是如何处理这个问题的

27

帖子

0

威望

163

eV
积分
190

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-23 16:21:08 | 只看该作者 Only view this author
jiangning198511 发表于 2023-3-23 09:06
这个应该是警告信息,其结果还是能用的

老师,再问一个问题,我想对比Co不同晶面对小分子的吸附能力,切出来的两个晶面的晶胞大小不完全一样,比如002晶面对应abc分别为9.8、8.4、22.9,100晶面分别为12.6、8.5、21.9,K-POINTS全取的2*2*1,这样对比两个晶胞的吸附能合适么?我好像之前在一个教程里看说需要晶胞*K值相等才可以比较,但这个很难实现。麻烦老师给解答一下吧

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 00:29 , Processed in 0.196272 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list