如何简化编写输入文件data

zaqxs234

我在使用Gromacs时了解到，gromacs可以对每个分子生成itp文件，最后在top文件中逐一include，后面在【Molecules】中添加对应分子的数量，如此操作极大降低力场分配的识别原子类型的工作量。

1. ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev2) on 2022-03-14
   
2. [ defaults ]
   
3. ; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
   
4.      1              2              yes            0.5       0.8333
   
5. #include "Neoprene_40.itp"
   
6. [ system ]
   
7. Neoprene_40
   
8. [ molecules ]
   
9. ; Molecule      nmols
   
10. Neoprene_40     1

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最近在使用LAMMPS，编写Data文件的时候思考，Lammps能不能也实现Gromacs的这种高效方法
否则对于聚合物大分子需要逐一识别原子类型以及逐一把每个键、角、二面角等参数再写一遍，实在是太过暴力且低效了！希望诸位有使用LAMMPS经验的老师、同学指导一下小弟

1. # CH4 molecule.
   
2. 5 atoms
   
3. 4 bonds
   
4. 6 angles
   
5. Coords
   
6. 1 -2.713754568     0.341746078     0.000420878
   
7. 2 -3.095133952    -0.696266757     0.277336151
   
8. 3 -3.093758964     0.621879479    -1.037232238
   
9. 4 -3.092376235     1.101254757     0.761601155  
   
10. 5 -1.573754499     0.340115085    -0.000022375   
    
11. Types
    
12. 1        1
    
13. 2        2
    
14. 3        2
    
15. 4        2
    
16. 5        2   
    
17. Charges
    
18. 1       -0.4
    
19. 2        0.1
    
20. 3        0.1
    
21. 4         0.1
    
22. 5         0.1
    
23. Bonds
    
24. 1   1      1      2
    
25. 2   1      1      3
    
26. 3   1      1      4
    
27. 4   1      1      5
    
28. Angles
    
29. 1   1      2      1      3
    
30. 2   1      2      1      4
    
31. 3   1      2      1      5
    
32. 4   1      3      1      4
    
33. 5   1      3      1      5
    
34. 6   1      4      1      5

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sobereva

我不用lammps，但gromacs构建完拓扑文件后可以用https://github.com/shirtsgroup/InterMol转成lammps的