硫单质S8的计算求助

lmxivy · 发表于 Post on 2023-4-4 11:04:56

本帖最后由 lmxivy 于 2023-4-4 11:09 编辑

各位老师好，我在对斜方硫(S8)endo-exo结构进行频率计算和几何优化的时候，运用了以下基组和泛函b3lyp/6-311+g(d,p)，也试过了多种S8构型，但是计算出来的结果总是S原子之间产生断键情况。初猜是按照文献的结构来算的话，也是断键结构。请各位老师指教

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-8 14:09:59

Yuyong 发表于 2023-4-8 13:49
您好，请教一下为什么是环状硫，从S8到S7转化，为什么不是S8开环呢？还有，您做硫不同团簇的计算分析，是 ...

买到的只有S8是因为其他的能量高很多
实际反应中S环是无定形的，很多做类似东西的文章里都发现从开链的几个硫+底物部分的这些物种到环形的几十个硫的中性物种都有，计算研究不可能考察的面面俱到，只要说明一条合理的路径并说明存在其他路径即可。

Yuyong · 发表于 Post on 2023-4-8 13:49:15

喵星大佬发表于 2023-4-4 11:51
S团簇不是个普通的东西，常规泛函里只有M06-2X，MN15和MN15L对于几个高对称点的势能面形状描述是完全正确的 ...

您好，请教一下为什么是环状硫，从S8到S7转化，为什么不是S8开环呢？还有，您做硫不同团簇的计算分析，是基于用的单质硫的成分算的么？我们买的升华硫，培养的单晶只测出来S8一种结构，

Yuyong · 发表于 Post on 2023-4-8 09:25:38

本帖最后由 Yuyong 于 2023-4-8 10:15 编辑

lmxivy 发表于 2023-4-5 14:39
感谢老师的耐心解答，可能我提问时问题没太说清楚，我搭建的是endo-exo 构型，如下图所示，

是否你搭的这个结构就是一种非稳定结构，再进行优化环就断开了，目前我培养的单晶，只发现了sobereva老师提供的这一种结构。是我理解的肤浅了

lmxivy · 发表于 Post on 2023-4-5 14:39:36

感谢老师的耐心解答，可能我提问时问题没太说清楚，我搭建的是endo-exo 构型，如下图所示，

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-4 13:01:52

如果你要算这种构型的S8，b3lyp/6-311+g(d,p) 没有任何问题（虽然加弥散完全多余），能得到无虚频的合理结构

输入输出文件：

S8.gjf (532 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 35)

S8.out (113.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-4 11:59:03

从你用的泛函和基组来看，你用的是 Gaussian 吧

建议你先看看 Sob老师关于基组选择的帖子
http://sobereva.com/336

几何优化没必要用 6-311+g(d,p) 基组，def-TZVP足以，机器一般的话就 6-31G(d)

下面说说你用的基组的问题。首先，你的体系里只有硫原子，没有氢，所以 6-311+G(d,p) 里的 p 没有任何意义，它只对氢加了极化函数，其次，+代表弥散函数，没事别加弥散。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-4 11:51:08

本帖最后由喵星大佬于 2023-4-4 11:55 编辑

S团簇不是个普通的东西，常规泛函里只有M06-2X，MN15和MN15L对于几个高对称点的势能面形状描述是完全正确的
具体见J. Am. Chem. Soc. 2023, 145, 5846的SI，里面有相关测试，当时我也是B3LYP发现不对劲才做的测试

红色的是有虚频的结构，对照的是CCSD/cc-pVTZ的结果，所有计算泛函和波函数方法(包括双杂化)都是用cc-pVTZ做的

smooth85 · 发表于 Post on 2023-4-4 11:40:47

先用半经验方法优化，收敛后再用大基组做

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[新手求助] 硫单质S8的计算求助

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