求助，gromacs模拟时什么时候要给初速度（gen_vel = yes）

非好汉 · 发表于 Post on 2023-4-13 17:58:49

大佬们，我想请问一下什么时候需要给初速度。我做了一个结冰模拟，依次进行能量最小化，nvt，npt，md，在 nvt 的时候给了gen_vel = yes，gen_temp = 260， gen_seed = -1，然后 npt 和 md 都设置了 gen_vel = no 。在论坛看到，能量最小化后可以直接进行 md (npt) 模拟，但是这个 gen_vel 我不知道要不要给，而且看到一些帖子说如果温度高给速度体系会不稳定，需要模拟退火，但是不给的话，体系还会正常运动吗。所以想问一下大佬们，如果能量最小化后直接进行 md，这个 gen_vel 要不要填 yes ？

MilesYYh · 发表于 Post on 2024-9-26 08:46:26

sobereva 发表于 2024-9-25 22:33
最开始的动力学（你当前是NVT）按我说的做就完了
显然不能产生相的时候重新产生初速度，否则此时又不平 ...

明白了，谢谢社长。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 22:33:58

MilesYYh 发表于 2024-9-25 08:35
就是不清楚到底怎么样才算的上是“random initial velocities were conducted”，社长，请见本帖7楼。

最开始的动力学（你当前是NVT）按我说的做就完了
显然不能产生相的时候重新产生初速度，否则此时又不平衡了，之前的平衡相都白做了

MilesYYh · 发表于 Post on 2024-9-25 08:35:44

sobereva 发表于 2024-9-25 00:49
grompp基于mdp+gro/pdb+拓扑文件产生tpr时用gen_vel = yes，并且gen-seed=-1，每次产生的tpr里的初速度就 ...

就是不清楚到底怎么样才算的上是“random initial velocities were conducted”，社长，请见本帖7楼。

MilesYYh · 发表于 Post on 2024-9-25 08:34:37

Seyilaxa 发表于 2024-9-24 23:18
设置了 gen_vel = yes ，就会按maxwell分布产生初速度，不会读取原来的速度信息

您好，谢谢。

这我知道，就是不清楚“Three MD simulations with random initial velocities were conducted”，这是怎么实现的，它是将一个经历了同样的em、nvt后，将nvt此时的结构拿来进行3组平长时间模拟（此时可以直接在product.mdp中将gen_vel设置为yes?这样就算得上with random initial velocities了）？还是一开始就是3组md，即分别进行em、nvt、product_md。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-25 00:49:28

MilesYYh 发表于 2024-9-24 18:10
社长，请问，看很多论文中都说到跑了多组平行模拟，如”Three MD simulations with random initial veloc ...

grompp基于mdp+gro/pdb+拓扑文件产生tpr时用gen_vel = yes，并且gen-seed=-1，每次产生的tpr里的初速度就都不同

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-9-24 23:18:57

MilesYYh 发表于 2024-9-24 18:10
社长，请问，看很多论文中都说到跑了多组平行模拟，如”Three MD simulations with random initial veloc ...

设置了 gen_vel = yes ，就会按maxwell分布产生初速度，不会读取原来的速度信息

MilesYYh · 发表于 Post on 2024-9-24 18:10:26

sobereva 发表于 2023-4-13 18:15
一般没必要用gen_vel，只要用了控温，速度很快会起来
不过对于能量极小化极其精确，因而原子受力都几乎严 ...

社长，请问，看很多论文中都说到跑了多组平行模拟，如”Three MD simulations with random initial velocities were conducted“，那这里的做法是指在成品模拟（以gmx为例）时将gen_vel设置为yes吗（一般情况下设置为no，原因同后面一句话）？但是使用gmx 时命令不是会传入上一步的重启文件吗，然后从这里读取初始速度。

或者要怎么实现这种”Three MD simulations with random initial velocities were conducted“呢？还是说是直接从一开始就单独各自跑em、nvt等。

非好汉 · 发表于 Post on 2023-4-13 21:40:20

sobereva 发表于 2023-4-13 18:15
一般没必要用gen_vel，只要用了控温，速度很快会起来
不过对于能量极小化极其精确，因而原子受力都几乎严 ...

好的，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-13 18:15:31

一般没必要用gen_vel，只要用了控温，速度很快会起来
不过对于能量极小化极其精确，因而原子受力都几乎严格为0的时候，用比如Berendsen热浴的情况下应当gen_vel产生初速度，否则按照其算法，速度会始终接近0。
另外就是做多次平行模拟的时候，最好用gen_vel，并且用赝随机数，以得到每次不同的随机初速度

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