GROMACS计算速度对CPU核数的依赖程度

wangyueda · 发表于 Post on 2023-5-11 20:02:57

本帖最后由 wangyueda 于 2023-5-11 20:40 编辑

有个小问题请教下各位老师，GROMACS计算速度对CPU核数的依赖程度有多少？同样一个MD任务，用24核跑的总计算耗时会是48核的两倍吗？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-11 22:14:54

wangyueda 发表于 2023-5-11 22:01
好的谢谢老师~看了下您的文章发现是不是纯CPU计算下，超过24核左右对速度提升就不大了

纯CPU跑，只要体系不是太小，节点内并行效率基本是线性。

然而现在哪还有用纯CPU跑GMX的？一般都是手握大把用不完的CPU集群资源的人才会用纯CPU跑GMX，此时并行效率关键在于节点间通信

wangyueda · 发表于 Post on 2023-5-11 22:01:10

Entropy.S.I 发表于 2023-5-11 20:15
逐句阅读http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

好的谢谢老师~看了下您的文章发现是不是纯CPU计算下，超过24核左右对速度提升就不大了

wangyueda · 发表于 Post on 2023-5-11 21:57:40

牧生发表于 2023-5-11 20:14
你要不要大声读一遍，听听你在说什么

手误了。。已纠正

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-11 20:29:00

sss668800 发表于 2023-5-11 20:26
你和B站的ア熵增焓减ウ是同一个人吗?他倒是at了熵增焓减

是我

sss668800 · 发表于 Post on 2023-5-11 20:26:06

Entropy.S.I 发表于 2023-5-11 20:15
逐句阅读http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

你和B站的ア熵增焓减ウ是同一个人吗?他倒是at了熵增焓减

sss668800 · 发表于 Post on 2023-5-11 20:24:24

Entropy.S.I 发表于 2023-5-11 20:15
逐句阅读http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

貌似你测试数据，被别的up主拿去发了，他经过你同意了吗？
https://www.bilibili.com/video/BV1iz4y1h7wi

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-11 20:15:41

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-11 20:14:44

复制代码

你要不要大声读一遍，听听你在说什么

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