求助，gromacs做含金属蛋白的金属参数在哪里找

TL131242 · 发表于 Post on 2023-5-13 09:13:53

看过前面帖子里面提到的文献发现没有我需要的Sc3+离子，根据sob老师说的在谷歌学术上搜索也搜不到相关文章。这种情况该怎么办。

TL131242 · 发表于 Post on 2023-5-15 08:54:48

sobereva 发表于 2023-5-13 15:50
可以用UFF力场的参数。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）处理含有过渡金属的情况，如下文，一般都 ...

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-13 15:50:51

可以用UFF力场的参数。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）处理含有过渡金属的情况，如下文，一般都是给过渡金属自动用UFF的离子参数
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

风起~ · 发表于 Post on 2023-5-13 13:13:27

MCPB可以么

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[GROMACS] 求助，gromacs做含金属蛋白的金属参数在哪里找