柔性PES出现两个局域能量最高点，使用opt=ts寻找过渡态，虚频均不对应反应坐标方向

吸血的蚊子

各位老师好，我使用gaussian计算三乙胺夺取乙硒醇的质子的自由能垒，首先需要找到过渡态。寻找过渡态的过程如下：首先分别优化质子转移前后的化合物结构，然后以N,H两个原子的距离为扫描变量，使用柔性扫描找可能的过渡态结构。1.柔性扫描,关键词为：opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) scrf em=gd3bj ；步数为6，步长为-0.327948埃，粗略地找到能量最高点，记为PES-1。然后再以此为基础，在能量最高点附近进行精细扫描，步数为6，步长为-0.109埃，记为PES-2，找到精确的能量最高点。


2.查找过渡态，以PES-2能量最高点作为过渡态的初猜结构，使用opt=TS查找过渡态，记为TS-1,关键词为opt=(ts,calcfc,noeigen,tight) freq b3lyp/6-31+g(d,p) scrf em=gd3bj int=ultrafine，优化收敛，仅有一个虚频，但虚频振动方向不完全对应反应坐标方向。





我觉得可能是我柔性扫描步长太大 ，因此提供的过渡态初猜结构不太合理，所以缩小步长，增加步数，再次进行柔性势能面扫描。
3.关键词同上，再次从反应物开始进行柔性扫描，缩短步长至-0.11埃，出现两个峰。




4.因为最高峰位置与我上次扫描得到的最高峰位置接近，所以这次以次高峰作为过渡态初猜结构再次优化，记为TS-2，结果收敛但对应的虚频仍不在反应坐标方向上。





请问各位老师应该如何解决呢？谢谢。

吸血的蚊子

Huschein 发表于 2023-5-17 14:38
质子转移出现双峰个人也遇到过，我个人认为，首先质子在H-A状态时H-A键长变长，H和B接近，这时候斥力会增大 ...

好的，谢谢。

Huschein

质子转移出现双峰个人也遇到过，我个人认为，首先质子在H-A状态时H-A键长变长，H和B接近，这时候斥力会增大，这是时候你会到第一个峰，这个峰主要来自于“解离”，我个人的想法；随后能量下降，H-A几乎断裂，H-B快要生成，这个时候就是“成键”能量还会发生一个上升，以上所有理解都是基于我个人经验和理解，看看就好了。所以你自己看一下双峰，你认为哪个峰是比较大的，然后以那个为过渡态初始构象去搜

Huschein

质子转移出现双峰个人也遇到过，我个人认为，首先质子在H-A状态时H-A键长变长，H和B接近，这时候斥力会增大，这是时候你会到第一个峰，这个峰主要来自于“解离”，我个人的想法；随后能量下降，H-A几乎断裂，H-B快要生成，这个时候就是“成键”能量还会发生一个上升，以上所有理解都是基于我个人经验和理解，看看就好了。所以你自己看一下双峰，你认为哪个峰是比较大的，然后以那个为过渡态初始构象去搜

吸血的蚊子

Huschein 发表于 2023-5-16 11:07
1.首先你能不能写一段话放一张图，我看一眼你发的话要下去找对应的图
2.PE3又是什么东西，你全文没有提及
...

1.谢谢同学的建议，我已经做了修改，你的建议确实便于阅读
2.应是PES3，第三次柔性扫描的曲线图，是我打错了
3.因为我化学直觉不太好，所以根据sob老师博文的建议，使用柔性扫描得到过渡态的初猜结构，然后再使用关键词opt=TS进行过渡态搜索

关于你说的“你自己扫到一个差不多的位置做限制性优化，然后再去搜过渡态好了”，我不太理解。柔性扫描不就相当于限制性优化？我的做法不正是做一个限制性优化，然后去搜过渡态？
还是同学你说的限制性优化和柔性扫描不同，因为“柔性扫描相当于对每一个扫描点结构中的非扫描变量做限制性优化”。

Huschein

1.首先你能不能写一段话放一张图，我看一眼你发的话要下去找对应的图
2.PE3又是什么东西，你全文没有提及
3.你这什么操作柔性扫描又TS又柔性扫描再TS？
你自己扫到一个差不多的位置做一个限制性优化，然后再去搜过渡态就好了