FCclasses3.0计算IC速率求助

xezhang

各位老师好，最近在学习用FCclasses3.0计算S1-S0的内转换速率Kic，需要非绝热耦合的结果文件。看了使用手册，还是不太明白。想请教大家这个文件用高斯怎么得到呢？谢谢大家

wcy鱼饵

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

您好 我用这样的方式计算出来的NAC都显示0，我是以基态为结构只优化了激发态 而后又用一个输入文件以激发态结构为初猜进行了freq计算，我转NAC文件的时候使用的是优化激发态后的fchk文件，想问问是不是这个原因所导致的？

Alpharay

你好，我用帖子里的文件计算的IC速率是 IC rate constant (s-1) -2.161+144 这是什么情况呢？？
fcc.inp文件如下
$$$
PROPERTY     =   IC   ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC
MODEL        =   AH   ; AS/ASF/AH/VG/VGF/VH
DIPOLE       =   FC   ; FC/HTi/HTf
TEMP         =   300.00 ; (temperature in K)
BROADFUN     =   GAU  ; GAU/LOR/VOI
HWHM         =   0.01 ; (broadening width in eV)
METHOD       =   TD   ; TI/TD
SPCMIN = -1
SPCMAX = 10.0
;VIBRATIONAL ANALYSIS
NORMALMODES  =   COMPUTE   ; COMPUTE/READ/IMPLICIT
COORDS       =   CARTESIAN ; CARTESIAN/INTERNAL
;INPUT DATA FILES
STATE1_FILE  =   LDOH-4-charge-td-opt-freq.fcc
STATE2_FILE  =   LDOH-4-charge.fcc
NAC_FILE     =   nac_LDOH-4-charge-td-opt-freq_fchk

Alpharay

你好，我用帖子里的文件计算的IC速率是 IC rate constant (s-1) -2.161+144 这是什么情况呢？？
fcc.inp文件如下
$$$
PROPERTY     =   IC   ; OPA/EMI/ECD/CPL/RR/TPA/TPCD/MCD/IC/NRSC
MODEL        =   AH   ; AS/ASF/AH/VG/VGF/VH
DIPOLE       =   FC   ; FC/HTi/HTf
TEMP         =   300.00 ; (temperature in K)
BROADFUN     =   GAU  ; GAU/LOR/VOI
HWHM         =   0.01 ; (broadening width in eV)
METHOD       =   TD   ; TI/TD
SPCMIN = -1
SPCMAX = 10.0
;VIBRATIONAL ANALYSIS
NORMALMODES  =   COMPUTE   ; COMPUTE/READ/IMPLICIT
COORDS       =   CARTESIAN ; CARTESIAN/INTERNAL
;INPUT DATA FILES
STATE1_FILE  =   LDOH-4-charge-td-opt-freq.fcc
STATE2_FILE  =   LDOH-4-charge.fcc
NAC_FILE     =   nac_LDOH-4-charge-td-opt-freq_fchk

Lmb

xuhj199508 发表于 2023-5-15 17:21
用g16算一下激发态得到S1.fchk，然后用gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac就可以得到所需nac文件了。

wangxm

wzkchem5 发表于 2025-3-13 10:30
那可能高斯16才支持

是的

wzkchem5

wangxm 发表于 2025-3-13 02:51
非常感谢老师的火大，我们用的高斯09D.01，但是g09按照TD=NAC写，会识别不了报错

那可能高斯16才支持

wangxm

wzkchem5 发表于 2025-2-25 18:25
NAC有三种计算方法，（1）Hellmann-Feynman NAC，或者叫Chernyak-Mukamel公式；（2）用Lagrangian方法， ...

非常感谢老师的火大，我们用的高斯09D.01，但是g09按照TD=NAC写，会识别不了报错

wzkchem5

wangxm 发表于 2025-2-25 10:50
您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和上面贴出的NAC的log文件中的一样， ...

NAC有三种计算方法，（1）Hellmann-Feynman NAC，或者叫Chernyak-Mukamel公式；（2）用Lagrangian方法，可以考虑Pulay term；（3）用原子核处的电场梯度推出NAC。
（3）和（1）等价，（2）比（1）、（3）更准。高斯以前只支持（3），可能是从Gaussian 09的某个revision开始支持（2）。早期MOMAP等软件的教程因为是在高斯支持（2）之前写的，所以教的是（3）的做法，但是现在没有任何理由用（3）而不用（2）了，因为（2）更准，除非你只有很老版本的高斯或很老版本的MOMAP。
FCclasses是否支持（3）我不确定，因为（3）是帅志刚老师他们提出的，MOMAP以外的软件的开发者未必在高斯支持（2）之前即已知晓（3）这种算法的存在。
你现在这个关键词的写法是（3）的写法，如无特殊原因，应当更换为（2）的写法，即写TD=NAC，参见https://gaussian.com/td/
关于三种NAC计算方法的区别和联系，参见https://en.wikipedia.org/wiki/Vibronic_coupling

wangxm

xuhj199508 发表于 2023-5-16 13:26
就按你现在这么算就可以了。

您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和上面贴出的NAC的log文件中的一样，prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)，可是当我运行gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac时，提示如下：Reading non-adiabatic coupling elements.
WARNING: Section 'Nonadiabatic coupling' not present in the FcHk file.
ERROR: 'Nonadiabatic coupling'section not found

wangxm

xezhang 发表于 2023-5-15 20:42
你好~刚刚用FCclasses3算了一个分子的IC速率，都正常结束了，但是在fcc.out文件里显示IC值为0，请教一下 ...

您好，我想请教一下nac文件是如何得到的呢？我用g09计算的nac,关键词和您贴出的NAC的log文件中的一样，prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)，可是当我运行gen_fcc_dipfile -i S1.fchk -nac时，提示如下：Reading non-adiabatic coupling elements.
WARNING: Section 'Nonadiabatic coupling' not present in the FcHk file.
ERROR: 'Nonadiabatic coupling'section not found

cokie

qian. 发表于 2025-2-21 14:19
你好，请问你解决了这个问题吗，我目前也遇到了这个问题，不知道该怎么解决

出现这种报错，你可以打开输出文件查看：
在输出文件的寻找如下字段处

------------------------------------------------------
   n   Coeff  type  label                 Value
------------------------------------------------------

你可以发现state 1 和 state 2的内坐标定义不一样。
以 18L 所给出的输出文件为例，可以发现state 1中少了包含Br22的内坐标部分。这大概率是因为，用来输出.state文件的源文件中，这个成键由于超出了计算软件判断成键的范围，因此没有相连，自然不会有内坐标定义，所以导致了fcc报出相应错误。

解决方案有两个：
1. 手动修改state文件，把缺的内坐标定义补全；
2. 重新计算缺失相应定义的态文件，例如在高斯里加上geom=connectivity来保证别原子链接的判断。

qian.

15689900879@163 发表于 2024-4-20 14:39
老师您好，我采用internal，报错FATAL ERROR: Int Coords sets on State1 and State2 have different siz ...

你好，请问你解决了这个问题吗，我目前也遇到了这个问题，不知道该怎么解决

cokie

xuhj199508 发表于 2023-9-8 08:43
一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

您好！看了您在此贴中的讨论，获益良多。

我遇到了使用FCclasses3计算基态（S0）和第一单重激发态（S1）之间的IC速率时，选用不同的COORDS（笛卡尔和内坐标），得到的速率相差极大（笛卡尔~1E+6，内坐标高达~2.0E+11），想向您请教我应如何理解这个现象，以及应该选用哪个结果作为最终的结果呢？

我的分子是钛菁的锌配合物，模型选择的是AH模型，分子初末态结构变化很小。

期待得到您的回复！祝好

15689900879@163

xuhj199508 发表于 2023-9-8 08:43
一般两种COORDS得到的重组能不会相差很多，所以直接采用internal的就可以了。

老师您好，我采用internal，报错FATAL ERROR: Int Coords sets on State1 and State2 have different size。
请问这种情况如何解决呢？使用CARTESIAN，计算得到的为负值。

cokie

xm.liu 发表于 2023-9-8 11:01
感谢您的回复，但是两个COORDS下相差巨大，CARTESIAN算出来2.18ev,和用高斯算出来的一致，INTERNAL0.20ev ...

我看了一下您算的这个分子是个花菁，那大概率算的是垂直吸收/发射过程的重组能吧，如果重组能高达2.18 eV，那斯托克斯位移岂不是有600 nm左右，有没有可能搞错了呢？0.2eV那个看着反而比较正常。