离子液体修饰的壳聚糖在NPT过程中报错？

ptg · 发表于 Post on 2023-6-13 22:23:09

在做聚合物壳聚糖模拟时，构建出2个模型，一个是未修饰的聚合度为5的壳聚糖，另一个是中间单体接上IL、聚合度为5的壳聚糖。在B3LYP/6-31g(d,p)下进行优化，使用Multiwfn计算RESP2电荷（首尾单体合为0，中间片段为0，IL修饰单体为1（后续乘以0.8）），然后用ztop生成聚合度为10的聚合物CS10-IL。然而Amber力场下后续MD（100个CS10-IL）中在NPT这一步一直报错，减小步长，降低温度都尝试过，依然无法解决。

主要报错信息如下：
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 12877 and 12890 at distance 34274064.000 which is larger than the table limit 2.200 nm；
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.

CS10-IL的pdb、itp以及mdp文件如下（PF6为阴离子）：

CS10-C2-COOH.pdb (20.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

CS10-C2-COOH.itp (155.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

PF6.gro (417 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

PF6.itp (1.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

pr.mdp (695 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

请各位老师指导一下，我是不是有什么没考虑到的点，还是参数不合理？

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