求助Multiwfn冻结原子的技巧

wmy

最近再使用Multiwfn创建 cp2k优化结构的输入文件时候想要冻结 除某一类原子中的一些原子之外的全部。因为体系比较大，我想用反选的方式选择原子，类似optH这种。 试着写opt+原子序号的方法，程序直接退了。现在我的解决办法是全部冻结，再慢慢删除我要优化的原子序号。  我想请教下有没有更快的方法呢

sobereva

gview的atom selection一定要恰当使用，前面的人说过了。注意在gview里有atom list editor，可以灵活地对原子进行排序、选择。

此外，VMD有强大的选择语句，看下文。命令行窗口输入[atomselect top 选择语句] get serial可以得到各个被选择的原子的序号。然后你把窗口里返回的信息拷出来，把空格替换成逗号，就可以直接粘贴到Multiwfn窗口里
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

卡开发发

还有个办法也许可以试试：
1、ase gui 对应的结构如cif格式；
2、然后界面左键框选原子，在这些原子选中状态下点击菜单栏的视图(view)->设置(settings)，在限制(constraints)那一行下的fix（也可能是constraint）按钮点击一下；3、点击菜单文件(Files)->保存(Save)，保存为*.json的格式；

4、使用文本编辑器打开这个*.json文件，找FixAtoms的字段，其中kwargs->indice里面的编号即为固定原子的列表（注：ase-json是从0开始编号的）稍加处理即可。

如果会点python可能会更加事半功倍，可能根本不需要额外的程序。

注：结构来源于论坛。

牧生

丁越的方法是可行的，也是我能想到的最简单省事的。
按序号冻结是进入冻结原子的选项以后，直接输入序号，而不是"opt+序号"。你仔细琢磨一下这句话

wmy

丁越 发表于 2023-7-10 19:43
gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号

谢谢您的回答。通过冻结全部，在再list找到要优化的原子编号确实挺快的

丁越

gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号