请问cp2k刚开始运行就中断如何解决？

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-11 11:22:05

本帖最后由红茶泡枸杞于 2023-7-17 14:59 编辑

在学习cp2k过程中,我在sob老师博文<CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法>中复制的例子,Multiwfn生成的2*2*2金刚石超胞做PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH单点计算,cp2k可正常运行.
在sob老师另一篇博文<使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件>中下载了另一个例子,做COF（共价有机框架）化合物的单点任务,采用centos8 cp2k2023.1无法运行,输入文件和输出文件如下
下面文件是cp2k.ssmp得到的,尝试cp2k.popt会出现如下字句
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).

不知是编译问题还是输入文件问题,请问该如何解决?

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2023-8-19 17:13:28

cp2k有自带的测试，编译完可以做一下看看情况；sdbg/pdbg版会在出问题时打印出完整的call stack、会检测内存泄露等cp2k的常见病害，有时间的话编译一份为好。
执行cp2k自带测试的命令：

cd ${CP2K}
make -j ARCH=... VERSION=... test

复制代码

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-18 10:23:19

PoorChaos 发表于 2023-7-17 18:24
硬盘空间也给够

P老师，请问cp2k可以同时做多个计算类型吗？比如同时做几何优化、能力、频率

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-17 20:16:31

PoorChaos 发表于 2023-7-17 18:24
硬盘空间也给够

现在100G，13.3G，可以算了，只是慢了点，十分感谢。

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-7-17 18:24:29

红茶泡枸杞发表于 2023-7-17 17:20
明白了，我去增加内存，谢谢谢谢

硬盘空间也给够

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-17 17:20:49

anson 发表于 2023-7-17 16:07
rockylinux 9.2，cp2k-2023.1，调用4或36核都能正常跑完。
感觉你这有可能是虚拟机环境下给的内存比较 ...

明白了，我去增加内存，谢谢谢谢

anson · 发表于 Post on 2023-7-17 16:07:32

本帖最后由 anson 于 2023-7-17 16:16 编辑

红茶泡枸杞发表于 2023-7-17 15:00
是的，我已上传到1楼，bdc.inp，谢谢

bdc4.log (27.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

bdc36.log (28.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
rockylinux 9.2，cp2k-2023.1，调用4或36核都能正常跑完。
感觉你这有可能是虚拟机环境下给的内存比较少或者是磁盘空间不够。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-17 15:00:07

PoorChaos 发表于 2023-7-16 12:11
还是1楼的inp吗？

是的，我已上传到1楼，bdc.inp，谢谢

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-7-16 12:11:00

红茶泡枸杞发表于 2023-7-15 20:20
谢谢老师回复，我重新编译了一下，可以正常跑了，请问出现这种字句可能是什么原因呢？
Primary job ter ...

还是1楼的inp吗？

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-15 20:20:13

PoorChaos 发表于 2023-7-15 17:01
用你给的cof.inp重新放进Multiwfn生成了新的cof.inp，正常跑完啊，22步收敛,inp和out放附件了
运行环境 ...

谢谢老师回复，我重新编译了一下，可以正常跑了，请问出现这种字句可能是什么原因呢？
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 1 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-7-15 17:01:56

本帖最后由 PoorChaos 于 2023-7-15 17:07 编辑

红茶泡枸杞发表于 2023-7-15 10:49
给了50G的内存，不知道够不够

用你给的cof.inp重新放进Multiwfn生成了新的cof.inp，正常跑完啊，22步收敛,inp和out放附件了
运行环境 RockyLinux 9.2，CP2K 2023.1，按社长教程编译

cof.out (29.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

cof.inp (10.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-15 16:58:28

ddddnight 发表于 2023-7-12 12:13
请问你这个问题解决了吗

安装了2022.2版的，运行论坛下载的例子可以，但是算我自己的还是会出现上面的字句

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-15 10:49:27

PoorChaos 发表于 2023-7-14 22:38
虚拟机内存给的够不够呢

给了50G的内存，不知道够不够

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-7-14 22:38:55

红茶泡枸杞发表于 2023-7-14 18:04
是的

虚拟机内存给的够不够呢

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2023-7-14 20:01:42

本帖最后由红茶泡枸杞于 2023-7-14 20:03 编辑

PoorChaos 发表于 2023-7-14 10:37
虚拟机下运行的？

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