[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

Graphite

ReaxTools 1.9版本
网页使用：http://cc-portal.xyz/reax_tools/
文档地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools
下载地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools/releases
QQ群：561184358
如果对你有用，不妨在github上点个star，每一个star有可能都能帮助作者吃顿好的。有问题请直接加群或者我微信，每一个好工具都需要大量用户的支持和反馈，谢谢。
福利活动：
发表核心期刊（含）以上论文，或本科（含）以上毕业论文时，明确提及/引用/致谢ReaxTools的，送200元京东卡。（进群私信我）
活动有效期至2028年12月31日。见刊即送，个人不限制数量，无其他条件。

更新说明
1.9web 网页版上线
1.9 支持输出原子转移数、输出关键分子上下游信息子图、更好的屏幕输出
1.8 优化反应图的算法、显示、输出文件
1.7 (源码非release) 输出3-8元环统计、键数量统计
1.6.2 (源码非release) 修复了部分文件格式的bug，过于复杂的体系反应图智能设置输出上限（最频繁的那些），避免过于杂乱。
1.6.1 (源码非release) 输出不同类型键的数量随时间变化（如C-H = 1000，998...），为什么会有人关心这个，我也不知道，但客户要做，那好吧。
1.6 C++标准修改、静态编译以增强兼容性
1.6 识别非标准的lammpstrj
1.5 支持etxyz格式
1.5 可以用--dump参数将每帧输出到lammps data文件中，用ovito检查
1.5 修复CP2K的AIMD轨迹读取问题
1.5 修复了对于一些周期性体系在使用kd-tree搜索时节点跳跃错误、导致只能搜索体系1/2-1/8的重大bug

贡献名单
（论坛）@devilove @chenzhe @MISAKA19020 @svenhhhhh @wk123等多位坛友
（QQ群）JackCaptain 异丙醇铝 mch 十六 no more strawberry等多位群友
以上名单更新可能存在延迟和疏漏，感谢大家的汇报bug和提交需求，如有疏漏清联系我

自动输出结果展示
以下内容全部为结合附带绘图脚本和Graphviz自动输出，没有人工修改









旧版本下载次数统计区
1.0版本 200+
0.3版本 380+
0.3以前 200?

yanboliu123

老师您好，您做的reaxtools工具非常有用，十分感谢！我现在还有几个问题：（1）web页面上给出的结果中Reactions和Atom transfer是什么意思呢？（2）能给出具体的反应方程式嘛？（3）现在只有类似C4H5这种化学式，能查看具体的结构式吗？可能这就得需要化学键的信息了，到底是单键还是双键还是三键；（4）十分感谢！

yanboliu123

yanboliu123 发表于 2025-9-24 09:49
老师您好，今天网页端无法识别出H原子，您看看是什么原因呢？                                            ...

已解决！

yanboliu123

老师您好，今天网页端无法识别出H原子，您看看是什么原因呢？                                                                                                                                                                 “=== Reax Tools Trajectory Analysis (Web Interface) ===
Input file: pyrolysis.lammpstrj, output dir: output/
Atom Types: 1: C, 2: ,
Frame: 7, Atoms: 400, Bonds: 106, Mols: 294, PBC: 34.2 34.2 34.2                  

Note: The number of frames is less than 10.
=== Species Report ===
formula                begin     mid     end
                      200.00  200.00  200.00
C2                    100.00   91.00   85.00
C4                      0.00    4.00    7.00
C                       0.00    2.00    2.00”

Graphite

she529 发表于 2025-8-17 20:16
大佬，这工具很顶啊  这个网页版本有办法离线使用吗？服务器的局域网不让联网- -！

GITHUB上拉取linux本地版，画图拿附带的python脚本和graphviz画

she529

大佬，这工具很顶啊  这个网页版本有办法离线使用吗？服务器的局域网不让联网- -！

kidult

很有帮助！感谢大佬

Graphite

Panbow 发表于 2025-7-16 21:39
网页版打不开呢，老师 显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

服务器状态好的很

Panbow

Graphite 发表于 2025-6-20 17:10
1.9web 重要更新

网页版打不开呢，老师 显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

Graphite

1.9web 重要更新

ddddnight

Graphite 发表于 2025-6-16 20:51
运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型 ...

好的好的，感谢老师

Graphite

uranusshi 发表于 2025-6-17 23:50
老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

如果文件轨迹格式正确、输入正确的话这些都是自动的

uranusshi

老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

uranusshi

Graphite 发表于 2025-6-17 16:56
id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640

感谢，轨迹文件改了个名字就好了，我原来用的是xxx.dump

Graphite

uranusshi 发表于 2025-6-17 00:38
老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv ...

id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640
Lattice="....", ....
C 0.0 0.0 0.0
....
2640
Lattice="....", ....
C 1.0 0.0 0.0
....