如何模拟含Pd2+的金属笼MD

1739140886 · 发表于 Post on 2023-7-27 15:30:55

我想要通过分子动力学模拟观察Pd金属笼的动态构象变化（在非常简单的条件下，不考虑溶剂、离子等别的效应，只考虑笼子本身），在300K下模拟1ns就可以，因为没模拟过这类分子，想请教一些有没有合适的力场或者案例可以提供模拟参考？

agent99 · 发表于 Post on 2023-7-28 00:29:26

合适的力场可能不好找，试试xtb吧

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[Lammps] 如何模拟含Pd2+的金属笼MD