suse中gcc升级报错

diaok

发现gromacs更新到2016了
需要c++11的编译编译器
我用的系统是SUSE Linux Enterprise Server 11 SP2  (x86_64)
仿照这个安装gcc4.8.2
http://www.cnblogs.com/lizhenghn/p/3550996.html
帖子里也没什么实际内容
就是./contrib/download_prerequisites下载依赖库
然后安装
../configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib

错误信息如下：
../../gcc/incpath.c(326): warning #1881: argument must be a constant null pointer value
        p->name = concat (sysroot, p->name + 1, NULL);
                                                ^

icpc -c   -g -DIN_GCC   -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -fno-common  -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/home/kjlv/software/gcc/gcc-4.8.2/build/./gmp -I/home/kjlv/software/gcc/gcc-4.8.2/gmp -I/home/kjlv/software/gcc/gcc-4.8.2/build/./mpfr -I/home/kjlv/software/gcc/gcc-4.8.2/mpfr -I/home/kjlv/software/gcc/gcc-4.8.2/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace    ../../gcc/ipa-cp.c -o ipa-cp.o
icpc: command line warning #10006: ignoring unknown option '-Wmissing-format-attribute'
../../gcc/vec.h(1140): error: more than one instance of function "gt_ggc_mx" matches the argument list: （这里谷歌有个类似错误但没人回）
            function "gt_ggc_mx(edge_def *)"
            function "gt_ggc_mx(edge &)"
            argument types are: (edge)
      gt_ggc_mx ((*v));
      ^
          detected during instantiation of "void gt_ggc_mx(vec<T, va_gc, va_gc::default_layout> *) [with T=edge]" at line 833 of "gtype-desc.c"

../../gcc/vec.h(1160): error: more than one instance of function "gt_pch_nx" matches the argument list:
            function "gt_pch_nx(edge_def *)"
            function "gt_pch_nx(edge &)"
            argument types are: (edge)
      gt_pch_nx ((*v));
      ^
          detected during instantiation of "void gt_pch_nx(vec<T, A, vl_embed> *) [with T=edge, A=va_gc]" at line 3760 of "gtype-desc.c"

compilation aborted for gtype-desc.c (code 2)
make[3]: *** [gtype-desc.o] Error 2
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
/bin/sh ../../gcc/../move-if-change tmp-automata.c insn-automata.c
echo timestamp > s-automata
rm gcc.pod

求助
要怎么解决？
或者有没有别的方法进行升级？
zypper suse13源里的能弄过来用吗？

卡开发发

diaok 发表于 2016-8-15 17:16
装了binutils
然后这个binutils和gcc好像有依赖关系
重新安装了gcc4.8.2之后才终于编译成功。。

版本不太高的话GLIBC搞个RPM弄上去，这个就很简单了，不过你可能缺了一堆库没装，都有依赖关系，实在不行就挂个系统镜像来安装，先检查下系统是否支持RPM（按说SUSE是可以安装RPM的）。可能这台电脑一开始系统的开发库装的就比另外一台电脑要少。
上次帮一个家伙安装也是这样，也是SUSE系统，整个电脑一开始就没有GCC，只好RPM先装掉老的GCC和其他依赖的库，然后在手动更新GCC。

diaok

卡开发发 发表于 2016-8-15 10:50
可能得更新binutils(ftp://ftp.gnu.org/pub/gnu/binutils/)，你试试看更新这个有没有用。

装了binutils
然后这个binutils和gcc好像有依赖关系
重新安装了gcc4.8.2之后才终于编译成功。。

然而运行的时候还是有错。。
gmx: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.3' not found
装glibc又报错。。   换各种版本问题都一样
make[2]: *** No rule to make target '/home/kjlv/software/glibc-2.8/1/manual/stamp.o', needed by 'lib'.  Stop.

卡开发发

diaok 发表于 2016-8-15 10:15
另一台机器出了另一个问题
Found a compiler flag for AVX support, but some other problem exists.
  ...

可能得更新binutils(ftp://ftp.gnu.org/pub/gnu/binutils/)，你试试看更新这个有没有用。

diaok

卡开发发 发表于 2016-8-14 21:03
对，是因为bashrc下面写了export CXX=icpc，不过也没关系，我自己一般configure之后会看看configure的信 ...

另一台机器出了另一个问题
Found a compiler flag for AVX support, but some other problem exists.
  Update your assembler and/or linker, e.g.  in the binutils package of your
  distribution.
这是需要升级什么？
明明是一样的gcc编译器

卡开发发

diaok 发表于 2016-8-14 20:40
非常感谢
我把makefile里面的icpc换了

对，是因为bashrc下面写了export CXX=icpc，不过也没关系，我自己一般configure之后会看看configure的信息，没有的话在configure的时候指定一下CXX=g++即可。

我自己习惯上还是把intel编译器的环境变量单独写到一个脚本里面，用的时候source一下，尤其是集群环境，很容易出现混乱。

diaok

卡开发发 发表于 2016-8-13 15:42
icpc编译gcc的东西，感觉不和谐啊，换个g++看看？帖子中不是也是g++？

或者是在不行就intel编译器来编译 ...

非常感谢
我把makefile里面的icpc换了

改成g++编译一下就过了

为什么configure的时候没有自动识别出g++来？
是因为我的.bashrc里面有export CXX=icpc吗？

这种选择编译器是不建议放这里吗？

diaok

excalibur 发表于 2016-8-13 15:28
曾经在OS X中编译过高版本的GNU编译器，我没有用download_prerequisites，而是直接下载了gmp, mpfr和mpc等 ...

download_prerequisites就是把库装到他自己可以识别的地方了
不用自己再指定目录之类
最开始我也是分别安装的库
后来改成download_prerequisites之后还是出一样的错误

卡开发发

icpc编译gcc的东西，感觉不和谐啊，换个g++看看？帖子中不是也是g++？

或者是在不行就intel编译器来编译gromacs，岂不是很好？

excalibur

曾经在OS X中编译过高版本的GNU编译器，我没有用download_prerequisites，而是直接下载了gmp, mpfr和mpc等依赖库，最后也编译成功了，似乎没有遇到你上面所说的问题。你可以仔细阅读下gcc的wiki，或者参照：http://stackoverflow.com/questio ... ithout-shared-libra

SUSE的升级服务是要收费的，或许付费用户能享受这种backports服务，我比较土鳖，不太了解。另外，你要升级，得从SUSE 11源里升级吧。

如果你的机器是集群并且没有买SUSE的服务，还是老老实实自己装个编译器吧。要是单机，或许可以考虑直接换个Linux发行版，简单粗暴。