计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 50008|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] VMD中原子编号显示与化学键

[复制链接 Copy URL]

24

帖子

0

威望

96

eV
积分
120

Level 2 能力者

Sob老师与各位老师同学好,在使用VMD中有2个问题,希望得到解答。
1.在gaussview中选择view中labels可对分子或团簇系统中原子自动编上号,选择symbols可显示原子名称,在multiwfn也能显示上述功能,请问在用VMD显示时,如何实现和在gaussview中具有同样编号原子显示呢,尤其本人团簇结构原子较多,希望在VMD中能够显示同样的原子顺序编号,以便于相关分析。

2.Sob老师曾说明关于VMD中化学键的结构图中出现原子而没有化学键,是因为原子间距离太远,没被判断成键,通过mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原子让它们成键,或是另一种做法drawing method改成dynamic bond,把判断成键的阈值调大。本人的团簇结构,优化后一部分显示了正确的化学键,另一部分化学键没有显示,原因和上面解释相同,由于团簇结构较大,未正确显示键的原子很多,我想问的是,除了上面的方法,即通过mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原子让它们成键外,能否有方法在一个分子结构中只选择部分原子,即是那些干未成键原子,利用类似dynamic bond的方法,通过调整阈值成键,即如何实现分子或团簇中两部分原子成键阈值条件不同。

36

帖子

0

威望

323

eV
积分
359

Level 3 能力者

20#
发表于 Post on 2023-11-29 14:56:00 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2023-11-28 16:22
大佬您好,我打开Tk console,ls了以后发现atmlab.tcl不在当前目录下,想来也肯定不在,因为我不知道该怎 ...

解决啦

36

帖子

0

威望

323

eV
积分
359

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2023-11-28 16:22:23 | 只看该作者 Only view this author
stecue 发表于 2017-5-19 01:14
如果没有写在vmrc里面,那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console,ls一下看看那个文件在不在当前目录 ...

大佬您好,我打开Tk console,ls了以后发现atmlab.tcl不在当前目录下,想来也肯定不在,因为我不知道该怎么在VMD里通过卢老师说的atmlab.tcl来显示原子编号。想请教一下该怎么写在vmrc里呢?怎么先运行这个脚本呢?求大佬不吝赐教。

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

18#
发表于 Post on 2019-3-8 03:02:53 | 只看该作者 Only view this author
请问VMD可以显示单键、双键等形式吗?
live each day as if it was your last

16

帖子

0

威望

818

eV
积分
834

Level 4 (黑子)

17#
发表于 Post on 2019-1-9 09:49:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 00:04
看此文关于depth cueing的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/2 ...

好的,谢谢sob老师的解答。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2019-1-9 00:04:51 | 只看该作者 Only view this author
a815648905 发表于 2019-1-8 20:07
老师,请问一下VMD设置成白背景之后,整个界面原子及等值面上有点泛白,没有像您做的图那样颜色鲜亮,请 ...

看此文关于depth cueing的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

16

帖子

0

威望

818

eV
积分
834

Level 4 (黑子)

15#
发表于 Post on 2019-1-8 20:07:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-16 19:43
1 具体情况不清楚,不好说
2 比如用licorice显示方式,调大bond radius即可
3 把键都设好后,运行atomsel ...

老师,请问一下VMD设置成白背景之后,整个界面原子及等值面上有点泛白,没有像您做的图那样颜色鲜亮,请问您知道是什么原因吗?非常感谢

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2017-5-22 08:59:20 | 只看该作者 Only view this author
stecue 发表于 2017-5-19 01:14
如果没有写在vmrc里面,那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console,ls一下看看那个文件在不在当前目录 ...

好,非常感谢~

230

帖子

0

威望

935

eV
积分
1165

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2017-5-19 01:14:37 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-5-18 22:41
sob老师,按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l,会出现下面的提示,然后输入na ...

如果没有写在vmrc里面,那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console,ls一下看看那个文件在不在当前目录下。在的话play atmlab.tcl或者source atmlab.tcl之后就可以用了。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2017-5-18 22:41:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-15 12:33
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

sob老师,按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l,会出现下面的提示,然后输入name并没有显示出序号。想请问您,您写的这个tcl应该没有版本的限制吧,我这个不是最新版本的VMD。我打开的是14400个原子gro文件。不知道是否有问题。?非常感谢您。

捕获.GIF (6.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 152)

捕获.GIF

24

帖子

0

威望

96

eV
积分
120

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-25 15:59:56 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问如何实现在同一个representation里选定两个元素,并调节为不同颜色呢?比如我在同一个representation先选定C元素后,通过coloring method colorId选择银色颜色,如果接下来在同一个representation selected atom 中增加H元素,H的元素选定白色,此时C也变为白色了。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-8-24 23:29:11 | 只看该作者 Only view this author
dashuo 发表于 2016-8-24 19:52
Sob老师,按照您提示的方法,新建representation我改了相应C原子颜色后,增加 bond radius,C-C间化学键可以 ...

不清楚你具体怎么设定的
同一个representation里把H和C同时包括,这个representation才会也包括C-H键。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

96

eV
积分
120

Level 2 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-24 19:52:30 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,按照您提示的方法,新建representation我改了相应C原子颜色后,增加 bond radius,C-C间化学键可以变化,再次新建representation,改变H原子颜色后,增加 bond radius,C-H间化学键却没有变化,但是改变sphere scale,H大小可变,为何C-H间化学键bond radius调节无效呢?

QQ截图1.png (9.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 161)

QQ截图1.png

QQ截图3.png (5.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 150)

QQ截图3.png

QQ截图5.png (6.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 122)

QQ截图5.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120110

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-8-24 17:49:52 | 只看该作者 Only view this author
dashuo 发表于 2016-8-24 12:03
关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawi ...

你把键的半径设粗点,覆盖原先的representation就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

24

帖子

0

威望

96

eV
积分
120

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-24 12:03:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dashuo 于 2016-8-24 12:07 编辑

关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawing method选CPK,selections keyword选择相应元素,Coloring Method 选ColorID改变C,H原子颜色,但是C,H原子间化学键颜色没有变化,如果要调节化学键颜色和相应两侧原子匹配,请问如何调节呢。

QQ截图1.png (9.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 155)

QQ截图1.png

QQ截图2.png (6.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 158)

QQ截图2.png

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 20:01 , Processed in 0.168946 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list