求助：使用gromacs进行添加离子的操作时系统报错无此类分子模型问题

ngaoo · 发表于 Post on 2023-8-15 15:42:11

老师，我使用gromacs进行添加离子的操作时系统报错： No such moleculetype SOL。

我使用sobtop进行了.top.itp.gro的创建，然后使用gromacs进行溶剂化操作，系统提示我已经将764个水分子写入到我的.top文件里了（Adding line for 764 solvent molecules with resname (SOL) to topology file (test2.top)）
然后我进行添加离子的操作时，系统报错说无此类分子模型。
我应该怎么更改

王肖索 · 发表于 Post on 2025-12-5 14:40:09

楼主解决了吗？我也遇到了这样的问题，对于top 文件您是怎么加的呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 05:46:38

ngaoo 发表于 2023-8-15 22:14
我明白您的意思了，我后面就采用Packmol进行建模工作，但是建模完成后我还是要在gromacs中进行后续的添加 ...

单分子的itp文件用sobtop等程序产生
top文件自己手写，通常include力场主top文件forcefield.itp，include体系中各类分子的itp文件，恰当定义[molecules]里的分子名、分子顺序、分子数目，以和结构文件一致。

tsgyls · 发表于 Post on 2023-8-16 09:40:09

ngaoo 发表于 2023-8-15 22:14
我明白您的意思了，我后面就采用Packmol进行建模工作，但是建模完成后我还是要在gromacs中进行后续的添加 ...

手动添加，gromacs目录下面有相应力场的文件夹，里面有离子的信息

ngaoo · 发表于 Post on 2023-8-15 22:14:25

社会主义小战士发表于 2023-8-15 18:41
仔细看社长的教程！
完全可以用Packmol做整套的建模

我明白您的意思了，我后面就采用Packmol进行建模工作，但是建模完成后我还是要在gromacs中进行后续的添加离子和能量最小化等操作，我的问题是：那我建模完成后需要进行后续操作时所需要的混合体系.top文件和.itp文件怎么得到？目前只有单个分子的.gro.itp.top文件，请老师帮我解答这个问题，谢谢您。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-8-15 18:41:32

ngaoo 发表于 2023-8-15 18:00
谢谢您的解答，那就是说我可以先用Packmol将我的分子和水添加进去，再在gromacs中进行添加离子的操作吗？ ...

仔细看社长的教程！
完全可以用Packmol做整套的建模

ngaoo · 发表于 Post on 2023-8-15 18:00:40

社会主义小战士发表于 2023-8-15 17:12
你这个盒子里没有溶剂，这种建模方法需要先将盒子里填充溶剂，然后再添加离子，或者你也可以用Packmol来建 ...

谢谢您的解答，那就是说我可以先用Packmol将我的分子和水添加进去，再在gromacs中进行添加离子的操作吗？那我在GMX中添加溶剂时已经显示添加成功了，是不是它没有将分子类型添加进我的top文件里，只是把数量添加进去了

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-8-15 17:12:34

你这个盒子里没有溶剂，这种建模方法需要先将盒子里填充溶剂，然后再添加离子，或者你也可以用Packmol来建模，具体方法可以见社长之前的一篇博文: http://sobereva.com/473

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