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[GROMACS] (已解决)请教一些各位大佬gromacs计算乙醇的自由能步骤是什么

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本帖最后由 Lance先生 于 2024-8-23 14:53 编辑

各位大佬好,我是刚接触gromacs的新手,现在我需要计算乙醇分子的自由能,现在做完了能量最小化,NVT,NPT,接下来需要计算什么?我有点没头绪,请各位大佬指教一下,谢谢各位大佬。
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发表于 Post on 2023-11-10 07:10:23 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-9 18:55
我用的是PME处理的,社长,那这种情况下我这盒子设置的合理吗?

PME会考虑无穷远的静电相互作用。
乙醇是有偶极矩的分子,盒子必须足够大才能令偶极-偶极相互作用小到可以忽略不计。偶极-偶极相互作用能随 1/(距离)^3 收敛,拿不准就自己做能量随盒子尺寸的收敛性测试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 18:55:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:08
看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用,只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以 ...

我用的是PME处理的,社长,那这种情况下我这盒子设置的合理吗?
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发表于 Post on 2023-11-9 17:08:32 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-9 11:32
社长,那这个足够大,具体应该大于多少比较好呢?我做的盒子是3×3×3的,这样够用吗?因为我测试发现, ...

看你具体怎么算的静电相互作用
诸如用cutoff算的静电相互作用,只要原子间距离超过cutoff相互作用就可以忽略
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 11:32:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lance先生 于 2023-11-9 11:37 编辑
sobereva 发表于 2023-11-9 06:04
盒子必须足够大,使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略

社长,那这个足够大,具体应该大于多少比较好呢?我做的盒子是3×3×3的,这样够用吗?因为我测试发现,盒子越大,提取的total energy也就越大,所以对于单个分子而言,盒子的大小应该如何确定才比较严谨呢?
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发表于 Post on 2023-11-9 06:04:26 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-8 18:33
社长你好,我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话,比如说算单个乙醇分子,盒子应该如何定义呢?

盒子必须足够大,使得乙醇和它的周期镜像的相互作用小到可以忽略
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 18:33:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-2 05:18
帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量

社长你好,我想问问您gromacs跑单个分子的平衡的话,比如说算单个乙醇分子,盒子应该如何定义呢?
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发表于 Post on 2023-11-2 05:18:39 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-11-1 23:05
社长您好,那这个帧数应该怎么查看呢?还有就是想问问您,算一堆有机小分子的话,比如乙醇,甲醇等,计算 ...

帧数就是指你计算时间平均的量所考虑的那些帧的总数目

我不知道你想批量算什么量
原理上,只要是能通过纯命令行干的事情,自己写shell脚本总能实现批量。没shell脚本编写常识的话可以看下文里的一些信息
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 23:05:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-1 08:40
实际中计算不是除以时间,而是除以帧数(本身计算分子部分就是所有帧的加和),所以没量纲问题

社长您好,那这个帧数应该怎么查看呢?还有就是想问问您,算一堆有机小分子的话,比如乙醇,甲醇等,计算可以批量进行吗?如果可以的话, 应该如何做?
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发表于 Post on 2023-11-1 08:40:00 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-10-31 15:30
社长您好,这个公式里面关于时间平均的那一部分,如果除以总时间的话,量纲是不是有问题了呢?

实际中计算不是除以时间,而是除以帧数(本身计算分子部分就是所有帧的加和),所以没量纲问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 15:30:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 15:01
没事干嘛要做NVT
显然没特殊理由直接做NPT就完了,做NVT完全多此一举。我在论坛里说过无数次了,北京科 ...

社长您好,这个公式里面关于时间平均的那一部分,如果除以总时间的话,量纲是不是有问题了呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 15:28:41 | 只看该作者 Only view this author
楼上社长回复了兄弟,提取体系的能量,带到那个公式里面
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发表于 Post on 2023-10-18 23:21:43 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-10-18 17:18
这个代码是提取体系的总能量的,代入公式可以计算出来

具体是哪个公式呢,需要用gmx energy里面的哪个能量板块,可以帮我解答下嘛,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 17:18:25 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-10-17 08:47
您好,那个用gmx energy算出来自用能了嘛

这个代码是提取体系的总能量的,代入公式可以计算出来
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发表于 Post on 2023-10-17 08:47:47 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-8-31 15:36
好的,谢谢社长。

您好,那个用gmx energy算出来自用能了嘛

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