VASP计算Slab材料电催化氮还原能量的时候需要保证材料固定么？

吴双 · 发表于 Post on 2023-9-1 21:53:30

大家好，想跟大家请教一下，一般用VASP计算电催化氮还原过程中，在计算频率的时候需要保持材料固定么？

卡开发发 · 发表于 Post on 2023-9-2 23:36:41

乐平发表于 2023-9-2 20:52
通常的做法是将催化剂表面（也就是你说的 slab ）的所有原子全固定，只计算吸附物的频率。

但是，这样做 ...

N个原子中如果固定N-1个原子，而计算1个原子对Hessian的贡献，这种情况和自由的1个原子情况不一样，这点可以从Hessian矩阵的定义还有自由度分析得知。但确实存在不合理之处。

含光君 · 发表于 Post on 2023-9-2 22:33:51

本帖最后由含光君于 2023-9-2 22:37 编辑

dingniu2 发表于 2023-9-2 21:46
感觉固定slab是不合理的，如果slab都放开做频率计算获得自由能校正真的很慢吗？请问目前的流行服务器（比 ...

这不仅取决于体系中的原子数，还要考虑每个SCF步收敛所需时间，如果加了磁性或者偶极校正的话，服务器能承受的体系大小会很不一样

dingniu2 · 发表于 Post on 2023-9-2 21:46:43

乐平发表于 2023-9-2 20:52
通常的做法是将催化剂表面（也就是你说的 slab ）的所有原子全固定，只计算吸附物的频率。

但是，这样做 ...

感觉固定slab是不合理的，如果slab都放开做频率计算获得自由能校正真的很慢吗？请问目前的流行服务器（比如双路8375C）大概能承受多大体系的slab原子都放开的频率计算？

吴双 · 发表于 Post on 2023-9-2 21:39:21

含光君发表于 2023-9-2 15:46
要

好哒谢谢

吴双 · 发表于 Post on 2023-9-2 21:39:01

本帖最后由吴双于 2023-9-4 17:31 编辑

乐平发表于 2023-9-2 20:52
通常的做法是将催化剂表面（也就是你说的 slab ）的所有原子全固定，只计算吸附物的频率。

但是，这样做 ...

乐平 · 发表于 Post on 2023-9-2 20:52:33

通常的做法是将催化剂表面（也就是你说的 slab ）的所有原子全固定，只计算吸附物的频率。

但是，这样做其实是有问题的。比如对于只有一个氮原子吸附在催化剂表面时，即 *N 中间体，这时只有一个氮原子，算频率就很奇怪。类似的，对于 HER 只有一个氢原子吸附在催化剂表面时，计算频率也是奇怪的。

一个孤单的原子哪来的振动频率呢…… 但是文献里都这样算，很离谱……

含光君 · 发表于 Post on 2023-9-2 15:46:22

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