求助按照视频教程使用multiwfn和VMD绘制分子轨道图 ，不成功，求解

肖克利

看了sob老师发的使用multiwfn+VMD绘制分子轨道图，觉得十分方便并且清楚，想要学习一下。
按照视频教程一步一步走，一切都很正常，但是到最后在 VMD口令窗口输入“orb xxx” 之后，点击回车，VMD 展示窗口不显示轨道波函数图，只显示了分子结构，如图所示。输入别的轨道 ，VMD展示窗口也无变化，不显示波函数（但是在gaussview中这些轨道是有波函数的）。请问各位老师，碰到这种情况如何解决？
VMD版本是193的，路径中也没有中文。

肖克利

sobereva 发表于 2023-9-18 10:20
Multiwfn根本没启动（假设你没有错误理解实际情况）说明.bat文件里Multiwfn可执行文件的路径根本就没写对 ...

谢谢老师抽出宝贵的时间，我会认真阅读学习的。

sobereva

肖克利 发表于 2023-9-18 09:32
老师，修改完showorb.bat文件以后，multiwfn文件夹里会出现我想要的几个轨道的cub文件，但是几秒钟之后就 ...

Multiwfn根本没启动（假设你没有错误理解实际情况）说明.bat文件里Multiwfn可执行文件的路径根本就没写对
仔细看下文弄清楚批处理文件是怎么回事，补充基本常识知识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

肖克利

sobereva 发表于 2023-9-18 08:55
我让你贴的是用Multiwfn产生cub文件的过程，不是载入cub文件在主功能0里试图看等值面的过程

老师，修改完showorb.bat文件以后，multiwfn文件夹里会出现我想要的几个轨道的cub文件，但是几秒钟之后就自动转移到VMD文件夹里了，showorb.bat也会自动关闭。这个过程没有启动multiwfn，所以我不太明白您的意思。

sobereva

肖克利 发表于 2023-9-16 10:12
老师您好，我计算的是一个双核Ru配合物。gjf文件内容如下：
%mem=50GB
%nprocshared=24

我让你贴的是用Multiwfn产生cub文件的过程，不是载入cub文件在主功能0里试图看等值面的过程

肖克利

sobereva 发表于 2023-9-16 01:46
你的cub文件明显有问题。完整说清楚怎么计算的，从Multiwfn启动开始的所有命令一行都不能少。并且我高度怀 ...

老师您好，我计算的是一个双核Ru配合物。gjf文件内容如下：
%mem=50GB
%nprocshared=24
%chk=RupipMe.chk
#p opt freq bp86/genecp geom=connectivity empiricaldispersion=gd3bj

RupipMe

0 1
Ru                 2.07510620    7.28924414    0.74943423
N                  1.78540620    9.04254414    1.95753423
H                  0.89550620    9.16934414    2.00743423
N                  2.49030620   11.34684414    3.57283423
H                  3.38650620   11.27304414    3.54893423
C                  3.73800620    5.40074414    2.23633423
C                  2.33870620   10.29174414    1.35443423
H                  1.99600620   10.39484414    0.46323423
H                  3.29420620   10.21954414    1.29933423
C                  2.24860620    8.90334414    3.35023423
H                  3.19950620    8.77184414    3.34533423
H                  1.84500620    8.12574414    3.74363423
C                  1.93830620   10.12704414    4.21533423
H                  0.98390620   10.22084414    4.26263423
C                  1.97190620   11.51554414    2.18243423
H                  2.34410620   12.30634414    1.78453423
H                  1.01690620   11.61104414    2.20743423
C                  2.46960620    9.96244414    5.59603423
H                  2.00033435   10.76321308    5.83924626
H                  1.89980436    9.19417095    5.68323535
O                  2.05510620    5.68324414   -0.31106577
O                  2.70210620    6.17064414    2.34753423
O                  4.38610620    5.23874414    1.11753423
O                  4.16290620    4.78214414    3.25093423
O                  0.15280620    6.90564414    1.23363423
H                 -0.08999380    6.17594414    0.87083423
H                  0.08470620    6.83874414    2.07783423
Ru                 3.81290620    6.29184414   -0.53636577
N                  4.10260620    4.53854414   -1.74446577
H                  4.99250620    4.41174414   -1.79436577
N                  3.39770620    2.23424414   -3.35976577
H                  2.50150620    2.30804414   -3.33586577
C                  2.15000620    8.18034414   -2.02326577
C                  3.54930620    3.28934414   -1.14136577
H                  3.89200620    3.18624414   -0.25016577
H                  2.59380620    3.36154414   -1.08626577
C                  3.63940620    4.67774414   -3.13716577
H                  2.68850620    4.80924414   -3.13226577
H                  4.04300620    5.45534414   -3.53056577
C                  3.94970620    3.45404414   -4.00226577
H                  4.90410620    3.36024414   -4.04956577
C                  3.91610620    2.06554414   -1.96936577
H                  3.54390620    1.27474414   -1.57146577
H                  4.87110620    1.97004414   -1.99436577
C                  3.41840620    3.61864414   -5.38296577
H                  3.63660620    2.84204414   -5.90246577
H                  3.82070620    4.39424414   -5.78186577
O                  3.83290620    7.89784414    0.52413423
O                  3.18590620    7.41044414   -2.13446577
O                  1.50190620    8.34234414   -0.90446577
O                  1.72510620    8.79884414   -3.03786577
O                  5.73520620    6.67544414   -1.02056577
H                  5.97800620    7.40514414   -0.65776577
H                  5.80330620    6.74234414   -1.86476577
H                  3.16556468    9.88227309    6.25239876
H                  2.36316489    3.77960478   -5.30909112

1 2 1.0 21 1.0 22 1.0 25 1.0 28 1.0 48 1.0 50 1.0
2 3 1.0 7 1.0 10 1.0
3
4 5 1.0 13 1.0 15 1.0
5
6 22 1.0 23 1.0 24 1.0
7 8 1.0 9 1.0 15 1.0
8
9
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11
12
13 14 1.0 18 1.0
14
15 16 1.0 17 1.0
16
17
18 19 1.0 20 1.0 55 1.0
19
20
21 28 1.0
22
23 28 1.0
24
25 26 1.0 27 1.0
26
27
28 29 1.0 48 1.0 49 1.0 52 1.0
29 30 1.0 34 1.0 37 1.0
30
31 32 1.0 40 1.0 42 1.0
32
33 49 1.0 50 1.0 51 1.0
34 35 1.0 36 1.0 42 1.0
35
36
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38
39
40 41 1.0 45 1.0
41
42 43 1.0 44 1.0
43
44
45 46 1.0 47 1.0 56 1.0
46
47
48
49
50
51
52 53 1.0 54 1.0
53
54
55
56

O C H N 0
6-311G*
****
Ru 0
LANL2DZ
****

Ru 0
LANL2DZ


将以上gjf文件用高斯计算得到了fchk文件。
将优化完成的fchk载入multiwfn中是可以看到不同轨道的波函数的。但是和VMD连用就无法正常显示。
将cub文件载入multiwfn中从启动到开始的命令我编辑在主楼，麻烦老师了.

sobereva

你的cub文件明显有问题。完整说清楚怎么计算的，从Multiwfn启动开始的所有命令一行都不能少。并且我高度怀疑你用的是根本不含波函数信息的文件当Multiwfn的输入文件

肖克利

snljty2 发表于 2023-9-15 18:16
看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》和《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》，这 ...

谢谢解答！我会认真阅读并且学习的！

snljty2

肖克利 发表于 2023-9-15 16:21
sob老师，我还有一个问题，优化完成得到fchk文件，在gaussview里面看轨道波函数，化学键结构是完整的。但 ...

看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》和《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》，这种问题没有必要专门问卢老师。

肖克利

sobereva 发表于 2023-9-12 20:05
看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等 ...

sob老师，我还有一个问题，优化完成得到fchk文件，在gaussview里面看轨道波函数，化学键结构是完整的。但是在VMD里面显示的结构某些部分的化学键消失了，这是正常的吗？ 请sob老师指点。

肖克利

kimariyb 发表于 2023-9-13 09:21
你这样说得太笼统了，很难回答

您好，我又编辑了两张图片放在主楼，如果可以的话烦请您帮我指点一下，谢谢。

肖克利

sobereva 发表于 2023-9-12 20:05
看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等 ...

sob老师你好，VMD窗口的内容以及cub文件载入multiwfn后显示的内容我将它们编辑在主楼了，还麻烦您帮忙看一下，谢谢老师！

kimariyb

你这样说得太笼统了，很难回答

sobereva

看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等值面