用Sobtop产生MOF-5的拓扑文件时用柔性扫描产生二面角参数的细节问题

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-9-12 21:52:21

本帖最后由 Wenchuan 于 2025-1-14 14:33 编辑

请问在用Sobtop产生MOF-5的拓扑文件时，为了得到更准确的os-ce-ca-ca这个二面角参数，使用了柔性扫描的方法，扫描结构为Sobtop程序包中提供的结构

MOF-5_fragment.gjf (5.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ，对24 32 41 57二面角扫描，扫描过程中将84 88 87 89号氢原子冻结，另外冻结41 32 23 14 和41 32 24 11 两个二面角以保持原来的框架结构，这样扫描是否合理？将得到的结果

MOF-5_fragment_tot_ener.txt (1.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) 进行拟合得到E_dihedral = 0.950 * (1 + cos(2.046*phi - 191.536 ))，对于此结构IDIVF=4，那么在bonded_param.dat文件的$DIHEDRAL部分加入一行os-ce-ca-ca 4 0.950 191.536 2.046，与Sobtop中推荐的近似值os-ce-ca-ca 4 2.800 180.000 2.000的势垒相差约三倍，其它差别不大，拟合得到的结果是否合理呢，直接用os-ce-ca-ca 4 0.950 191.536 2.046可以吗？

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-9-18 10:55:38

sobereva 发表于 2023-9-18 10:02
可以

感谢解答

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 10:02:13

Wenchuan 发表于 2023-9-17 10:05
根据您的建议，我采用了DFT计算，因计算资源比较充足，无关的苯环用6-31G*基组，其它C、H、O用6-311G*基 ...

可以

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-9-17 10:05:46

sobereva 发表于 2023-9-12 22:10
PM7也太糙了，得用DFT
为了省时间，把无关的那些苯环用3-21G这种垃圾基组描述可以接受

根据您的建议，我采用了DFT计算，因计算资源比较充足，无关的苯环用6-31G*基组，其它C、H、O用6-311G*基组，Zn用SDD基组和赝势，使用TPSSh泛函，对24 32 41 57二面角柔性扫描，冻结无关苯环上的远端氢原子84 88 87 89号，输入文件为

MOF-5_fragment.gjf (5.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) ，结果为

MOF-5_fragment_tot_ener.txt (1.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ，固定PN=2，phase=180并拟合得到E_dihedral = 3.658 * (1 + cos(2*phi - 180 ))，现在势垒一半3.658与推荐的近似值2.800差距较小，只是稍大，因为IDIVF=4，所以在$DIHEDRAL部分加入一行os-ce-ca-ca 4 3.658 180.000 2.000，请问这个参数现在可以用了吗，是否合理呢？

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-9-12 22:24:18

sobereva 发表于 2023-9-12 22:10
PM7也太糙了，得用DFT
为了省时间，把无关的那些苯环用3-21G这种垃圾基组描述可以接受

谢谢您的解答

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 22:10:15

PM7也太糙了，得用DFT
为了省时间，把无关的那些苯环用3-21G这种垃圾基组描述可以接受

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