MMPBSA计算含Mg2+体系时程序错误

Zachariah

各位老师，我在计算一个含有双离子的蛋白体系的MMPBSA时使用的命令为
MMPBSA.py -O -i decom.in -o decom.dat -sp macro.top -cp ../complex.top -rp ../protein.top -lp ../MOL.top -y macro_prod1.nc>decom.log
遇到了如下报错信息：
  File "/data/amber/amber20/bin/MMPBSA.py", line 100, in <module>
    app.run_mmpbsa()
  File "/data/amber/amber20/lib/python3.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa
    self.calc_list.run(rank, self.stdout)
  File "/data/amber/amber20/lib/python3.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run
    calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr)
  File "/data/amber/amber20/lib/python3.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run
    self.prmtop))
CalcError: /data/amber/amber20/bin/sander failed with prmtop ../complex.top!


打开_MMPBSA_complex.pdb和_MMPBSA_protein.pdb过程文件，发现坐标中只含有Zn2+，没有Mg2+,而删除Mg2+之后，MMPBSA就可以正常运行了
请问这可能是由什么原因导致的呢？
是否与Mg2+的处理相关呢

btw，体系内还存在一个小分子配体，部分坐标如下：

complex.pdb
...
ATOM   2767  CD2 LEU   916      10.304  22.799  44.192 -0.41 63.00           C
ATOM   2768  OXT LEU   916       7.268  22.741  43.804 -0.81 99.00           O1-
TER
HETATM 2769 ZN    ZN   999     -19.424  18.525  18.418  1.00 18.16          Zn2+
TER
HETATM 2770 MG    MG  1000     -16.424  19.268  14.128  1.00 14.15          Mg2+
TER
ATOM      1  C1  MOL     1     -16.353  23.002  23.100  1.00  0.00
ATOM      2  C2  MOL     1     -16.485  24.437  22.560  1.00  0.00

...

protein.pdb
...
ATOM   2768  OXT LEU   916       7.268  22.741  43.804 -0.81 99.00           O1-
TER
HETATM 2769 ZN    ZN   998     -19.424  18.525  18.418  1.00 18.16          Zn2+
HETATM 2770 MG    MG   999     -16.424  19.268  14.128  1.00 14.15          Mg2+
END

...

Zachariah

问题解决：
在检查_MMPBSA_normal_traj_cpptraj.out文件时，发现如下语句：
18: [strip :WAT,Cl*,CIO,Cs+,IB,K*,Li+,MG*,Na+,Rb+,CS,RB,NA,F,CL]
        Stripping 44351 atoms.
        Stripped topology: 5525 atoms, 340 res, box: Truncated octahedron, 3 mol
MMPBSA.py在计算的时候自动移除了MG*

我在输入文件中加入strip_mask = ":WAT,Cl*,CIO,Cs+,IB,K*,Li+,Na+,Rb+,CS,RB,NA,F,CL"，剔除了MG*,MMPBSA就能正常运行了。

Zachariah

rpestana94 发表于 2023-9-15 07:39
Try adding in the input file the parameter strip_mask, by default MMPBSA strip all ions but if you h ...

I checked all the _MMPBSA_tmpfile yesterday and as you said, MMPBSA.py will remove Mg2+ by default.Now the problem has been solved, thank you for your reply

rpestana94

Try adding in the input file the parameter strip_mask, by default MMPBSA strip all ions but if you have some cofactors they will be also strip, so you have a topology missmatch, with strip_mask you can define what do you want to strip and should fix the problem, look in the amber manual for more info

Zachariah

sobereva 发表于 2023-9-14 18:04
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的，下次注意

sobereva

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意